由非财政拨款形成的基金本金（含由利息同存本金部分，可以在保证资金安全的前提下，依法采取适当运作形式，获取较大收益。但不得用于购买股票、风险债券及其他风险性投资。
对于有指定用途的捐赠收入可以按出资方指定的方式依法使用资金。
第八条 严格基金本金运作项目的审批制度。使用基金本金进行存款、购买国库券等须由基会会秘书长审批；数额在１００万元以上（含１００万元）的非财政拨款形成的基金本金运作，须经专家论证后报博士后管委会主任和主管副部长审批后执行。
第九条 基金本金在“专用基金－－其他基金”会计科目中核算，并可设立明细科目，以核算不同性质的基金本金。
第十条 基金会须定期按照主管部门规定的统一格式和要求将基金户和管理费产合并编制财务报告，
三、预算管理
第十一条 基金会年度预算由收入预算和支出预算组成。
第十二条 编制收支预算必须按照以收定支、收支平衡、统筹兼顾。保证重点的原则，不得编制赤字预算。
第十三条 收入预算以当年基金本金运作形成的利息等收入为限测算编制；支出预算根据博士后事业发展计划、管理需要和财力可能测算编制。
第十四条 基金会年度预算报人事部审核汇总后，由人事部报科技部、财政部审核批准后执行。
第十五条 基金会年度预算一经批准，一般不得调整。如确需调整，需按国家规定的程序报批，经批准后方可调整预算。
四、收入管理
第十六条 基金会的收入包括：
（一）财政补助收入，即从财政部门取得的财政资金，包括用于增加基金本金的资金和直接列支用于补助资助金开支的资金。
（二）上级补助收入，即从上级主管部门取得的具有指定用途的非财政补助收入，包括用于增加基金本金的资金和用于其他开支的资金。
（三）事业收入，即通过依法开展业务活动取得的收入。
