河南省、安徽省、江苏省、山东省、浙江省和上海市县级以上环境保护行政主管部门依照本办法的规定负责排污许可证的审批、发放和监督管理。
第七条 日排废水１００吨以下或者日排化学需氧量３０公斤以下的排污单位应当向所在地县级环境保护行政主管部门申请领取排污许可证。
日排废水１００吨以上或者日排化学需氧量３０公斤以上的排污单位应当向所在地市（地）级以上地方环境保护行政主管部门申请领取排污许可证，具体受理申请机关的权限划分由省级环境保护行政主管部门规定。
环境保护设施经国家环境保护总局竣工验收的新建、改建、扩建项目，应当向所在地省级环境保护行政主管部门申请领取排污许可证。
第八条 排污单位申请领取排污许可证，应当按照县级以上环境保护行政主管部门的要求，如实填写《排放重点水污染物许可证申请表》。
申请排污许可证，必须提交下列材料：
（一）经县级以上环境保护行政主管部门核定的排污申报登记材料；
（二）排污口规范化整治验收材料；
（三）经县级以上地方人民政府核定分配的总量控制及削减指标；
（四）已实施的总量控制和削减指标措施的完成情况，或者拟实施的总量控制和削减指标措施；
（五）被责令限期治理的排污单位，还应提交治理方案；已经完成限期治理任务的，应当提交环境保护行政主管部门限期治理验收材料；
（六）新建、改建、扩建项目环境保护设施竣工验收监测和环保验收材料；
（七）县级以上环境保护行政主管部门要求的其他材料。
第九条 县级以上环境保护行政主管部门应当自收到排污许可证申请后三十日内，对申请材料进行审查，并按照下列规定作出批准或者不批准发放排污许可证的决定；逾期未作出决定的，视为作出批准发放排污许可证的决定：
（一）对排放的重点水污染物符合国家或者地方规定的排放标准和排放总量控制指标的，予以批准，发放《排放重点水污染物许可证》；
（二）对因排放重点水污染物超过排放总量控制指标而被责令限期治理的，予以批准，发放《临时排放重点水污染物许可证》；
被责令限期治理的排污单位完成限期治理任务，经环境保护行政主管部门验收合格的，应当申请换发《排放重点水污染物许可证》；
（三）对排放重点水污染物超过国家或者地方规定的污染物排放标准的，或者经限期治理排放重点水污染物仍然超过排放总量控制指标的，不予批准发放排污许可证。
