第一阶段为单位自查阶段。２００１年７月上旬以前，各行政事业单位要对本单位及所属单位的银行账户作全面彻底的清查，在摸清情况的基础上，按照有关政策规定，对现有银行账户作出取消、归并或保留的处理。要建立行政事业单位银行账户自查工作责任制，各单位的主要领导及财务负责人要对本单位及所属单位银行账户的自查情况负责。自查工作结束后，要将本部门、本单位及所属单位银行账户清理整顿的详细情况报送同级财政、监察、审计等部门，说明整顿前银行账户的户名、账号、开户银行、账户性质、账户用途和整顿后实设账户的户名、账号、开户银行、账户性质、账户用途，以及存在的问题和拟采取的整改措施等。中央行政事业单位要于２００１年７月上旬将本单位及所属单位银行账户清理整顿的详细情况及《银行账户清理自查情况登记表》（包括软盘）报送财政部、监察部，并抄送中国人民银行、审计署。各省、自治区、协辖市有关部门要于２００１年７月底以前，将本地区行政事业单位银行账户清理整顿情况报送财政部、监察部，并抄送中国人民银行、审计署。
第二阶段为有关部门核查阶段。２００１年８月－１０月，各级监察、财政、人民银行、审计等部门要根据掌握的情况，有重点地进行复查。对银行账户管理不规范的，要及时予以纠正；对不符合规定的银行账户，要限期撤销。
在清理整顿中，各地区、各部门要健全制度，规范管理，巩固工作成果。要严格执行国家有关银行账户的法律、法规和政策，加强行政事业单位银行账户的监督和管理。所有单位开设的银行账户，必须由单位财务部门统一管理，严禁违反规定多头开户；要按照设立银行账户的条件及有关规定，从严控制单位银行账户的数量；严格履行开设或撤销银行账户的审批手续，严禁金融机构为公款私存开设账户；要实行单位银行账户登记备案制度，规范行政事业单位银行账户管理。要结合落实“收支两条线”的规定，加强财务管理，严格会计监督及银行账户开立的审核。要把银行账户管理与加强财政监督、推行预算制度和税费制度改革，以及实行国库集中收付制度结合起来，增强清理整顿工作的整体效果。在清理整顿过程中，要注意中小金融机构的存款变化情况，确保银行体系与社会秩序的稳定。
四、清理整顿工作的监督检查
近年来，国务院和有关部门制定了一系列有关行政事业单位银行开户的法规和纪律规定，如《
金融违法行为处罚办法》（国务院令第２６０号）、《
违反行政事业性收费和罚没收入收支两条线管理规定行政处分暂行规定》（国务院令第２８１号）、《
中央预算单位银行账户管理暂行办法》（财预字〔１９９９〕６６号）和《
行政事业单位预算外资金银行账户管理的规定》（财综字〔１９９９〕８８号）等，对违反银行账户管理规定的行为及其处罚作了明确具体的规定。认真贯彻执行这些规定是清理整顿工作取得实效的重要保证。各地区、各部门要认真组织学习，掌握这些规定的基本精神和内容，提出贯彻执行的具体措施和要求。要加大监督检查的力度，严格执行纪律。对各单位自查出来的问题并能认真纠正的，可以酌情从轻处理或免于处理；对不认真自查自纠，敷衍了事甚至顶风违纪的，要严肃查处，不仅要追究直接责任人员的责任，还要按照党风廉政建设责任制的规定追究有关领导的责任。监察部、财政部、人民银行、审计署于２００１年下半年，对中央行政事业单位和各省、自治区、直辖市行政事业单位银行账户的开设和管理情况进行检查，对于不按规定清理整顿和顶风违纪的将进行严肃处理，对典型案例进行曝光。
