转制后保留事业单位性质的科研机构继续执行科学事业单位财务会计制度。并入高等学校的科研机构，可以执行高等学校财务会计制度；执行高等学校财务会计制度有困难的，可以暂时执行科学事业单位财务会计制度。从２０００年１月１日起，并入高等学校的科研机构统一执行高等学校财务会计制度。
七、资产管理
１．科研机构转制为国有企业的，其资本金由财政（国资）部门暂根据其财务主管部门批复的１９９８年度财务决算核定；转制为有限责任公司或股份有限公司的，应先对其资产进行评估、确认，财政（国资）部门依据资产评估结果核定其资本金。
－－转为中央直属大型科技企业的，由该科研机构到财政部办理产权登记手续；
－－进入中央管理的企业（集团）的，由接收企业到财政部申办资产划转、产权登记有关手续；
－－转为科技企业实行属地化管理和进入地方管理的企业（集团）的科研机构，直接到接收地的财政（国资）部门办理产权登记手续。
转制为企业的科研机构，在核定资本金、办理产权登记后，到工商行政管理部门办理企业法人注册登记手续。
２．进入企业（集团）、转为中央直属大型科技企业和转为科技企业实行属地化管理的科研机构，在办理产权登记后应按照
财政部《关于做好日常清产核资工作有关问题的通知》（财清字〔１９９９〕１４号）文件的规定，抓紧向同级清产核资机构申报清产核资，批准后组织实施。在清产核资中，企业（单位）要切实做好资产清查、产权界定、价值重估和资金核实等项工作，对各类资产和账务进行全面清查，认真清理债权债务，理顺产权关系，并将有关工作结果如实填报资产清查、价值重估、资金核实等报表，按规定程序于１９９９年１１月１０日以前报同级清产核资机构进行确认。企业（单位）依据同级清产核资机构的确认结果，进行有关账务处理，办理产权变动登记手续。有关清产核资的具体要求另行通知。
八、有关要求
在科研机构转制过程中，各单位财务、资产管理部门要精心组织，密切配合，各级财政、科技行政管理等部门要加强协调和监督，尽职尽责地对科研机构转制进行业务指导和工作支持，确保国有资产不流失，财会工作正常有序进行。
为进一步理顺财务资产关系，国家经贸委管理的１０个国家局应按照本通知的要求，积极做好各项财务管理基础工作和经费划转的前期准备工作，有关经费划转的具体要求另行通知。
九、本通知由财政部、科技部负责解释。
