２．进入企业（集团）和转为中央直属大型科技企业的科研机构，以及转为中介机构并挂靠全国性行业协会的科研机构，其科学事业费按照１９９８年核定的正常经费预算指标，自１９９９年７月１日起由国家经贸委管理的国家局管理变更为直接归口科技部管理。
３．划转其他部门，以及撤销并入其他研究机构的科研单位，其科学事业费正常经费预算指标随财务关系变更相应划转和变更。转制方案中撤销的科研单位内设机构，其科学事业费留归原所属科研机构。
４．上述转制科研机构１９９９年房改经费拨付方式不变，从２０００年１月１日起进行相应变更；房改经费按财政部核定的基数划转。
三、科学事业费专项经费及科研课题、项目经费的管理
按照国家科技发展计划，由转制科研机构承担并正在实施的国家重点基础研究、攀登计划、重大科技产业工程、国家重点实验室等项目，以及已经批准的科研课题和科技项目等仍按原计划继续组织实施，有关经费由科技部按照改制后的预算管理渠道继续拨付并管理。
四、行业技术工作经费及科技信贷与贴息资金
按照科技拨款制度改革要求，技术开发型科研机构减拨的事业费（按照规定减拨的事业费三分之二留给主管部门用作行业技术工作，三分之一留给科技部〔原国家科委〕用作科技信贷与贴息），从１９９９年起全部转作科研院所技术开发研究专项资金，由财政部与科技部共同管理，主要用于支持中央级技术开发型科研机构（包括２４２个转制的科研机构）以开发高新技术产品或工程技术为目标的应用开发研究工作，以促进中央级技术开发型科研机构及转制科研机构的持续创新能力。科研院所技术开发研究专项资金管理办法另行制定。
五、国家级质量检测检验机构的经费支持
科研机构转制后，凡经国家确认的技术认证和质量监督检验中心、进出口商检中心；分析测试中心，科技部、财政部将会同有关部门根据其运行绩效进行考评，择优给予一定的专项经费支持；用于“中心”的仪器设备的更新改造。具体管理办法另行制定。
六、转制科研机构适用财务会计制度问题
进入企业（集团）、转为中央直属大型科技企业、转为科技企业实行属地化管理的科研机构，可以执行相应的企业财务会计制度；执行企业财务会计制度有困难的，可以暂执行科学事业单位财务会计制度。
