但是，高新区的发展在全国并不平衡。某些高新区的产业特色不够鲜明，没有形成支柱产业，多数高新技术企业的创新能力还有待提高，这些都是发展中的问题，今后应当认真加以解决。
当前，国内外形势发生了深刻的变化，世界高新技术产业竞争日趋激烈。我国高新技术产业的发展必须立足自主创新，加快高新技术产业化，推动技术创新进程。现阶段高新区发展的战略目标是：强化创新能力，加快高新技术产业发展步伐，建立具有自主知识产权的高新技术支柱产业；用五年左右时间使５３个高新区的经济规模再翻一番，超过一万亿元，其它经济指标同步增长；大力提高高新区的整体发展质量，把高新区建设成为高新技术产业化的基地、高新技术产品出口的基地、高新技术企业孵化的基地、高新技术企业家迅速成长的基地，技术创新的示范区、改革开放的先行区和带动两个文明建设的新社区，使高新区的特色更加鲜明，发展更加迅速，作用更加显著。
为实现这一战略目标，必须进一步提高实现科技产业化的紧迫感和历史责任感，深入贯彻落实党的十五大精神和全国技术创新大会的一系列方针、政策。要加强领导，牢牢把握正确方向，继续坚定不移地推进和支持高新区的发展。高新区发展要实现重点的转移：由注重招商引资和基本建设向注重创新质量和优化配置科技资源转移；由扩大建设项目向优化创业、创新环境转移；由产业分散向集中优势、发展特色产业转移。大力发展具有自主知识产权和国际竞争力的支柱产业，为我国产业升级和结构调整，提高经济发展的质量和效益，为科教兴国与可持续发展作出贡献。
二、优化创业环境
营造创业环境，为科技产业化发展提供良好条件。各级政府要抓住高新技术产业化发展的机遇，认真贯彻落实国务院转发的《
关于促进科技成果转化的若干规定》，借鉴上海、深圳和北京等地的鼓励高新技术产业发展政策，紧密结合高新区发展的实际情况，抓紧制定地方性政策，激励科技人员、企业家创业，进一步增强高新区创新能力，推动支柱产业更快的发展。继续落实国家关于推进科技产业化的一系列改革措施，加强制度创新，保持高新区精简、高效、服务的体制和机制，防止旧体制、旧观念的复归。要认真解决民营科技企业的产权问题，落实并保护创业者权益，支持高新区企业建立新的激励和约束机制，大力推动企业技术创新。
