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深化水运体制改革，按照政企分开、责权一致、精简高效的原则，理顺中央与地方的关系，逐步完善办事高效、运转协调、行为规范的水运行政管理体系，逐步建立满足市场监管需要的高素质的水运管理队伍；积极推进港口管理体制改革，实行政企分开。
港口建设管理模式要从目前以审批项目为主转向对重点建设布局规划和岸线资源进行管理，并依据总体规划和专业规划，简化审批程序，适时加快建设进度。制定相应的规章并经批准，鼓励货主码头向社会开放经营。
６．制定鼓励运力优化的相关政策
针对目前营运车辆过路过桥费负担过重，运输成本过高，长途运输效益差的问题，制定与运输发展政策相一致的公路通行费征收办法。从降低集装箱专用车、厢式货车等鼓励发展车型的收费标准入手，研究制定对营业性运输车辆实行优惠的政策，以鼓励道路运输向专业化方向发展。制定相关措施和鼓励各地建立运输车辆更新改造补贴资金，加快淘汰耗能高、性能差的老旧车辆，限制和淘汰低速重载车辆，限制和淘汰标记吨位改小和轴荷超限的普通货车的发展。建立以技术状况为准则的营运车辆进退运输市场的制度。
与有关部门协调配合，共同建立和完善公路运输车辆制造、改装和使用管理有关的法规体系。
７．加强水上运力调控，推进航运企业改革，提高对外开放质量
综合运用经济、技术、法律和必要的行政手段，调控运力总量，优化运力结构，提高船舶技术水平。研究建立船舶特别登记制度等政策措施，引导中国资本船舶在国内登记、悬挂五星红旗。通过制定和推行内河船型标准化、建立船舶更新改造专项补贴基金、建立船龄标准并与船舶技术标准相结合的老旧船舶市场准入和退出制度、推行沿海主要运力投入的招标制度等措施，优化运力结构，削减过剩运力，推进沿海老旧船舶的更新和内河船舶标准化进程。
进一步扩大对外开放范围，提高开放质量和水平，逐步与国际市场接轨。改革市场准入审批制度，逐步取消班轮、船代、外国航商在华商业存在等方面的数量和地域限制等保护措施，进一步开放我国的国际航运市场。同时，用国际通行的规则来保护我国的航运利益，研究建立我国进口物资运输权保障机制，清理和规范现有的开放领域。
８．加强运输企业资质管理，规范市场经营行为
建立严格的运输企业资质管理认可制度和监督检查制度，对达不到资质条件的要限期整改，整改后仍达不到要求的，取消经营资格。通过实施资质管理制度，促进航运业结构优化和升级，达到全面提高企业管理素质和安全管理水平的目的。通过评定道路运输企业经营资质等级，实现道路运输市场的合理分工，规范市场经营行为，提高服务水平。
加强市场监督，促进公平竞争，提高服务质量。清理整顿运输市场，保护合法经营，打击非法运输；加大对违法经营扰乱运输市场秩序的处罚力度，情节严重的取消其经营资格；加强对运输企业盲目杀价、恶性竞争行为的监督和管理，稳定运输价格；制止各种滥用优势地位、排斥竞争、强行服务的行为，建立竞争有序的运输市场。
９．加大科技投入，依靠科技进步
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