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“九五”期间，国家加大了对内河航运基础设施的投入力度，“一纵两横两网”骨干航道建设进展顺利。但总体上内河航运基础设施建设仍处于起步阶段，无论是航道等级结构还是港口设施结构都明显不适应运输发展需要。
存在的主要问题是：航道等级结构不合理，高等级航道里程少，水运主通道仍有一半以上未达到规划标准，江南和珠江三角洲干线航道仍有６０％以上未达到规划标准；具有层次结构的航道网尚未形成，主要内河航区间缺乏有效连接，主要航道的上下游通航标准不一，难以组织高效、经济的直达运输；大部分内河港口机械化程度低，专业化泊位少，集装箱码头能力严重缺乏；西部地区航道绝大多数处于原始自然状态，港口无泊位、无货场、无仓库、无机械的“四无”现象普遍。内河水运占地少、运量大、能耗小的优势远没有发挥出来。
（二）运输装备
１．营运车辆
到２０００年年底，全国民用汽车保有量达到１５８０万辆，其中从事道路运输的汽车为６７０万辆，分别为１９７８年的１１倍和３７倍。
存在的主要问题是：运力结构不合理，车辆总体水平不能适应公路特别是高等级公路的发展。货运车辆以中型普通敞篷货车为主，高效低耗的重型货车、厢式货车、集装箱拖挂车和各类特种专用汽车所占比重低；高档客车数量少，客运车辆大多技术性能较为落后，经济性、舒适性较差；老旧车辆多，安全性能差；运力布局不合理，农村线路上运力相对缺少，缺乏适合农民出行需要的车辆；车辆生产厂家随意改变车辆实际载重吨位和车辆使用者随意改装车辆超载运输的现象普遍，严重破坏公路设施，增大了公路交通事故风险。
２．船舶
改革开放以来，我国航运业得到了快速的发展，总运力规模比改革开放前增加了３倍多，已成为世界航运大国。
存在的主要问题是：船舶运力结构不合理，船舶总体技术水平低，船舶老化。国际海运船队中的方便旗船队比重呈上升趋势，国旗船队发展缓慢；船队结构不合理，普通干散货船比重高，液体散货船比重远低于世界平均水平，超大型油轮、液化天然气船（ＬＮＧ）几乎是空白；船舶大型化发展缓慢，船舶平均载重吨位低；内河运输船舶技术状况十分落后，船型、机型、材质杂乱，能耗大，平均吨位低；海事、救助船舶功率小，船速低，功能少，抗风能力弱，船龄老化，难以适应水运事业的发展。
（三）运输组织
１．道路运输
道路运输市场主体已呈多元化，形成了多种经济成分从业者并存竞争的局面，市场机制在配置道路运输资源中日益明显地发挥作用。道路运输业已具有较大规模。
存在的主要问题是：经营主体过于分散，产业集中度低，缺少主导市场发展的大型企业；运输组织落后，货运基本处于单车单放状态；运输信息不畅，车辆空驶现象严重，运输效率和效益低下；经营结构不合理，重客轻货，重干轻支，集装箱、化学危险品、冷藏保鲜以及大件物品等特种运输发展不够，快速货运、现代物流等服务处于起步阶段，道路客运、汽车维修、搬运装卸等服务质量普遍不高；场站的基础性、服务性作用未能得到充分发挥。市场发展不规范，政出多门，区域市场壁垒还没有彻底打破，地方保护主义现象还不同程度存在，监督执法力度不够。
２．水路运输
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