国家统一举办的骨干工程及其采取的措施，所需经费由国家统一开支。国营、集体经济单位和职工家庭农场、农户有承担国家骨干工程任务的，应由自己安排一定数额的自有资金（包括劳动积累）进行配套，国家根据需要和承担任务者的实际经济情况，给予适当扶持。
五、对农发资金的使用，必须坚持先征（征收耕地占用税）后用、专款（农发资金）专用的原则。任何地方和部门不准挤占挪用；不准抵顶地方原来安排的和应正常增加的农业基本建设投资、 支援农村生产支出以及农林、 水利、气象等部门的事业费；不准用于机构、人员的经费开支；不准用于兴建楼、堂、馆、所，也不准用于农业生产以外的其他产业。
六、各省、自治区、直辖市财政部门，应加强对农发资金的管理。要分年度单独编列年度收支预算；年度终了后，要及时编列决算表（附表一）。无论是预算还是决算，都应列入地方各级财政的总预算和总决算。
七、农发资金由各级财政部门征收耕地占用税的主管单位具体管理。财政部门对农发资金的安排使用，应根据有关部门提出的开垦和整治、改良耕地项目，进行综合平衡，合理安排资金计划，报同级人民政府审批。各业务主管部门按批准的项目和计划组织实施。财政部门按计划和项目进度拨款，并监督其实施。此项资金年终如有结余，由地方财政结转下年度继续使用。
八、农发资金应择优投放，或招标选优投放，并实行有偿和无偿相结合的办法。凡有直接经济收益的项目，原则上有偿使用。回收的资金作为增加农发资金处理，继续用于开垦宜耕土地和整治、 改良现有耕地。 有偿使用的资金可以按照财政支农周转金制度进行管理。
九、农发资金的使用，严格实行项目管理和按经济办法管理。资金使用者与主管部门，主管部门与财政部门都要分别签订经济合同，规定项目完成的时限和应达到的经济效益。明确项目负责人、合同各方的经济责任和奖罚条款，并实行司法公证，以确保资金使用效益的发挥。
十、财政部门要会同有关主管部门，对建设项目的完成进度和资金的使用情况及时进行检查，发现问题，及时纠正。项目完成后，要严格验收。年度终了，要向同级人民政府和上级财政部门作出报告（附表二）。
十一、各省、自治区、直辖市财政部门可根据本办法，结合本地区情况，制定农发资金管理的具体办法，报同级人民政府批准，并报财政部备案。
