（一）因企业硬盘损坏等原因造成软盘中专用发票存根联份数小于ＩＣ卡的，必须要求企业提供当月全部专用发票存根联，通过认证子系统进行扫描补录，并传至报税子系统。
（二）因企业更换金税卡等原因造成软盘中专用发票存根联份数大于ＩＣ卡（不含ＩＣ卡为零的情况）的，其软盘中所含专用发票存根联明细数据可读入报税子系统，但当月必须查明产生此种不一致情况的原因并采取解决措施。
（三）因企业计算机型号不匹配造成ＩＣ卡中专用发票存根联数据为零的，根据系统提示，其软盘数据存入报税子系统或要求企业持专用发票存根联到征收机关通过认证子系统进行扫描补录，并传至报税子系统。
第五条 征收机关因企业软盘质量问题致使无法采集专用发票存根联数据的，必须要求企业重新报送软盘；因企业计算机硬盘损坏无法重新报送的，按照本规定第四条第一款进行处理。
第六条 纳税申报期结束后，征收机关必须运用报税子系统查询未申报企业，并要求其限期报税，以便采集专用发票存根联数据。
第七条 征收机关应及时汇集企业申报的专用发票存根联数据并打印《增值税专用发票存根联采集情况统计表》；同时将专用发票存根联明细数据和《增值税专用发票存根联采集情况统计表》数据核对无误后，于每月１３日前报上级税务机关。
第八条 征收机关运用认证子系统对企业报送的专用发票抵扣联进行识伪认证，认证相符（包括计算机自动认证相符和人工校正认证相符）的，读入认证子系统。
第九条 征收机关运用认证子系统对企业报送的专用发票抵扣联进行识伪认证时，对认证不符或密文有误的专用发票，必须当即扣留，并将专用发票原件和电子数据于发现的当日移送稽查局查处；专用发票注明金额在十万元以上的，必须将专用发票原件和电子数据立即移送稽查局查处。
第十条 企业报送的专用发票抵扣联，如果报送征收机关时已褶皱、揉搓，无法运用认证子系统进行认证的，征收机关应将其退还企业，专用发票抵扣联数据不得存入认证子系统；如果因征收机关原因造成专用发票发生褶皱、揉搓，无法运用认证子系统进行认证的，征收机关可以企业所取得相应的发票联进行认证。
第十一条 征收机关应及时汇集企业申报的专用发票抵扣联数据并打印《增值税专用发票抵扣联采集情况统计表》；同时将专用发票抵扣联数据和《增值税专用发票抵扣联采集情况表》数据核对无误后，于每月１３日前报上级税务机关。
