第十条 有关部门或专家均可提出重大项目建议，填写《重大项目建议表》，专家建议经部门汇总平衡后，送国家科学基金委重大项目领导小组。
第十一条 国家科学基金委各科学根据学科发展战略设想和经费的可能，对建议项目进行筛选、合并、补充、调整，提出重大项目的立项方案，征求专家意见，经重大项目领导小组审核同意，组织有关部门和专家对该项目的课题构成、研究内容和目标、关键科学问题、研究技术路线、研究队伍、经费预算、预期成果等进行研讨后，由申请单位提出联合申请，填报《重大项目联合研究申请书》（一式十份）。
第十二条 被评审项目按项目成立由学科评审组成员和其他有关专家组成的重大项目评审组，经国家科学基金委主任或副主任批准后，就申请书提出的项目意义、研究方案、学术带头人的水平和队伍结构、经费预算等，组织答辩和背靠背评审。国家科学基金委有关科学部根据重大项目评审组意见和与会专家分别写出的评审意见，提出对被评审项目的审查意见和资助计划、经费分配方案，并填写《重大项目评审意见》，送重大项目领导小组。
第十三条 重大项目领导小组能已评审的项目进行综合平衡后，由各科学部分别通知项目主持人根据评审意见组织填报《重大项目任务书》（一式五份）。
第十四条 《重大项目任务书》经国家科学基金委有关科学部审查后，提请委务会议审查批准。批准通知书由国家科学基金委主管主任或副主任签发。
第十五条 重大项目的评审要科学、民主，坚持择优原则，做到公正、合理。项目参加者及其有关人员必须回避评审活动。参加评审的专家和工作人员必须对评审情况负责保密。
第四章 项目经费
第十六条 重大项目经费从国家自然科学基金中划出适当比例，专款专用，并根据科学发展需要和科学基金总额进行年度调整。重大项目要保证课题年平均强度高于一般资助课题。
第十七条 重大项目的经费由国家科学基金委与有关部门共同资助。部门承担经费的比例，视项目的性质和部门的经费情况区别对待。鼓励通过横向联系，争取多渠道资助。
经费预算要精打细算，力求节约，充分利用本单位现有条件和所在地区的协作条件；支出范围限于资助项目研究工作直接需要的费用，不包括封建和大型仪器设备。特殊需要购置大型仪器设备的，要详细说明理由备审。
