１、严格限制规模小、管理差的航运公司盲目发展，引导航运企业实现规模化、集约化经营。除现有航运企业进行现代企业制度改造，实行股份制、有限责任公司，或进行企业联合、兼并、资产重组而成立新的航运企业按现行法规进行审批外，继续暂停审批从事国际海运、港澳航线运输以及国内沿海、内河跨省运输的航运公司。
２、控制运力总量，优化运力结构。除经我部批准购买的二手船、新建船和市场确实急需的特殊用途船（救助打捞船、工程船、冷藏运输船、特种货物运输船）以及更新船舶外，继续停止审批新增运力，从严控制航行港澳航线的船舶。经部批准，原航行国内航线的船舶，在暂停国内航线经营资格的条件下，可经营国际航线运输。
根据市场需要，在进行充分的市场定量分析的基础上，按照部批准的运力额度或部下达的二手船购置计划指标，航运企业可以申请购置或新造液化气船、客／车滚装船、汽车滚装船、高速客船、化学品船和散装水泥船等特种客货运输船舶；部根据运力与运量平衡情况，将严格审查船舶的技术状况，进行审批和发证（长江、珠江、黑龙江水系邻省间和跨省运输船舶的船舶营运证暂由部派出机构发放），从严掌握。
船公司光租外轮经营国内水路运输应经部批准，租用的船舶应是市场急需的船舶，船龄不得超过交通部１９９３年２号令对外购船舶规定的年限。除船公司以外，其他企业不得光租船舶从事经营性国际国内水路运输。
３、根据《
关于加强内支线集装箱班轮运输和国际班轮运输管理的通知》（交水发〔１９９７〕８０号）的精神，对班轮进行全面清理整顿。按照《
国际班轮运输管理规定》（交通部〔１９９０〕第１５号令），未经部审批的所有班轮必须在今年７月１日以前补办审批手续。今年７月１日以后，对未经交通部或交通部授权部门批准的班轮，港务局不予安排船舶装卸，海监局不予办理船舶进出港口手续。各级交通主管部门要加强监督检查和管理，对违反规定者依法给予处罚。
４、我部１９９２印发的《关于印发〈关于深化改革、扩大开放、加快交通运输发展的若干意见〉的通知》（交办发〔１９９２〕５９６号），下放了经营邻省间旅客运输航线的审批权限，对繁荣水上客运曾起到了一定作用，但由于个别地方把关不严，相互放宽，从整体上缺乏对运力的宏观调控，造成重复建设，运力过剩，部分航运企业客运经营难以为继。一些企业安全管理薄弱，部分区域航行秩序混乱，重大恶性事故时有发生。为此，按照《
水路运输管理条例》及其《实施细则》的规定，凡申请筹建省际间（包括邻省间）旅客运输航运企业、增加运力及新开或延伸航线，均由部及其派出机构从严审批。
