１、因地制宜循序渐进的原则
在我国这样一个人口众多，资源、环境、人文、风俗等千差万别的情况下，实施科教兴村计划一定要因地制宜，因村制宜，对于不同地区，不同经济条件、不同资源类型的地区，必须与当地的实际工作相结合，不搞一刀切。每个县都要先抓试点村，积累经验后以点带面逐步推广。
２、与各部门工作结合的原则
农村是多部门服务的领域，农民是多部门服务的对象。科教兴村计划是对农业和农村各种计划、项目在村域的组装、配套和结合。因此科教兴村计划要与丰收计划、星火计划、燎原计划、绿色证书工程等项目结合，与推进农业产业化要结合，与农科教结合工作相结合，与农广校工作相结合，与小康村建设相结合，使其在村域经济和社会发展中发整体效益。
３、调动两个积极性的原则
８０年代初开始实行的家庭联产承包责任制，激发了农民群众勤劳致富的积极性。在建立社会主义市场经济体制的新形势下，广大农民依靠科技教育发展经济的愿望更加强烈。要坚持“实际、实用、实效”的原则，保护和调动广大农民的积极性。要制定激励政策，鼓励广大科技教育工作者到农村去，为我国农业和农村经济发展建功立业。
４、自力更生，艰苦奋斗的原则
我国的经济还不发达，依靠国家财政的大规模投入实施科教兴村计划是不现实的。试点工作过程中必须发扬自力更生、艰苦奋斗的精神，主要依靠科技工作者的智慧和村民勤劳的双手，创造美好富裕的新生活。
５、可持续发展的原则
在我们这样一个人多地少，资源相对短缺；农业生产力水平明显提高，但环境污染日益加重；农村经济迅速发展，但经济实力相对落后；人民购买力成倍增长，农产品消费需求压力不断加重的国度，必须走控制人口、资源节约、生产集约化经营、保护生态环境，走可持续发展的道路。
６、物质文明和精神文明“两手抓”的原则
在实施科教兴村计划中，要一手抓村域经济建设，一手抓农村精神文明建设，用社会主义的新思想武装教育农民，改善生活居住环境，扫除愚昧落后的陋习，提高农民的思想文化素养，加强农村精神文明的建设。
三、不断完善科教兴村计划的运行机制
在试点工作的实践中，一定要探索建立一种适应社会主义市场经济条件的新的运行机制。
１、建立激励机制
在社会主义市场经济条件下，科教兴村既要坚持政府统筹，又要引入市场机制，这样才能调动社会各部门和广大科技人员、农民群众广泛参与的积极性，形成科教兴村“大合唱”。为此，要按照市场经济规律，建立利益分配机制，引导农、科、教各有关部门和企业主动投入科教兴村的各项事业；要制定并落实优惠政策，鼓励科技人员到科教兴村第一线建功立业；要在坚持自愿原则的前提下，通过典型示范和思想工作相结合，引导农民积极参与，自觉成为科教兴村的主体。各级党委政府要善于帮助农民拓宽视野，增强信心，理清思路，勇于面对市场经济的挑战，加强联合，在市场竞争上不断发展壮大自身运行的力量。
２、建立科教兴村组织领导保障机制
