在医疗保险制度改革中，优先选择管理基础好的医药零售连锁企业作为定点药店。
鼓励国有医药流通企业充分发挥批零一体化和拥有知名度高的老字号、信誉好的零售药店等优势，首先实现医药零售连锁化，并依法在异地设立医药商业零售连锁分店，改变国有零售药店只有单店经营的传统经营模式。
有条件的地区和企业要因地制宜地采取直营连锁、特许连锁等多种连锁管理形式，打破行业界限、部门界限、地区界限及所有制界限，不断提高连锁的规模化和规范化水平。
适应医药零售市场的多种需求，在大力发展连锁店的同时，根据各地不同的实际情况和药品分类管理办法的要求，也可以形成大型连锁医药商场、连锁医药超市、普通商场或超市药品专柜及非连锁单独分店等多种业态形式，形成各具特色的优势互补的零售新格局。
根据市场需要和企业的条件，医药零售企业要积极拓展与健康相关的商品经营和服务的范围，形成多元化的经营模式。
医药商业零售连锁企业与其他商业连锁企业共享政府给予的各项改革优惠政策。
（三）提倡、支持基础工作较好的医药流通企业在企业内部实行计算机管理的基础上，本着积极、稳妥的原则，利用现代信息技术、网络技术，逐步推进医药电子商务，以改变现行医药流通企业经营效率低、费用高的现状。通过经营方式、交易手段的变革，实行信息流、物流、资金流的高效统一。同时，积极组织对现行各种批发和零售连锁管理软件进行对比和评估，经不断完善后向全行业推荐优秀软件，提高效率与管理水平。
继续执行《
药品交易会管理办法》，积极研究改革和加强药品交易会管理工作。
（四）进一步加强对医药流通的宏观调控和监督管理工作，提高医药流通企业的管理水平，促使企业在不断满足人民用药需求的前提下提高经济效益。
根据国务院的决定，从现在起要下力气对全国医药流通秩序进行一次集中整顿，取缔非法经营，打击假冒伪劣，规范流通秩序，促进深化改革。
严格控制医药批发企业的数量，在不影响市场有效供应的前提下，打破按行政区划设立医药批发企业的布局模式，对严重资不抵债、扭亏无望或经过整顿后仍无法达到规定要求的现有医药批发企业，通过破产、兼并等手段使其退出医药流通领域。整顿期间暂停审批新的批发企业，要依法对从事药品生产、经营的企业法人重新核发证照，企业内设机构及其它不具备法人资格的分支机构不再核发证照，经营责任由具有法人资格的企业统一负责；坚持取缔无证照或证照不全的药品经营企业，努力扭转批发企业过多过滥的局面。
严格执行药品价格管理政策。国家将对列入《基本医疗保险甲类药品目录》的药品，实行统一零售价格并予以公布，不再规定折扣率；其它药品按照购进价格和政府规定的差率，由经营企业和医疗机构自主定价。工商企业要规范自己的经营行为，确保财务帐目与统计数据的真实性。购销过程中必须按照实际价格开具发票。生产企业不得以低于生产成本的价格销售药品。
