（一）国家对出入境检验检疫行政、事业单位实行核定收支、定额上缴、超支不补、结余留用的预算管理办法。
从事纯技术性、辅助性和中介服务性业务且照章缴纳所得税的出入境检验检疫事业单位，其收支结余单独反映，不再实行定额上缴办法。
（二）出入境检验检疫系统应自求收支平衡，不得编制赤字预算。
（三）出入境检验检疫系统在编制年度预算时，应根据事业发展的需要，结合财力所能，本着勤俭节约、统筹兼顾、保证重点、注重效益的原则，严格核定各项支出，逐步推行“零基预算”的编制方法，提高预算资金的使用效益。
（四）出入境检验检疫单位年度预算由出入境检验检疫行政、事业单位依据财政部的要求编制，经国家出入境检验检疫局审核汇总，报财政部审批后执行。
（五）出入境检验检疫单位年度预算指标在执行过程中，原则上不予调整，但因以下原因造成对出入境检验检疫系统收入和支出影响较大时，经财政部批准可作相应调整：
１、因国家调整收费标准，影响出入境检验检疫系统收费收入的增加或减少；
２、因国家调整法定检验商品的种类，影响出入境检验检疫收入的增加或减少；
３、因国家政策调整和进出口贸易发展要求影响出入境检验检疫支出的增加或减少；
４、其他经财政部审核认可的政策性因素。
四、进一步规范出入境检验检疫收入、支出和结余分配的管理与核算
（一）出入境检验检疫行政、事业单位各项收入均应及时足额入帐，不得隐匿、截留或挪用；出入境检验检疫行政、事业单位支出必须严格按照国家统一规定的各项开支范围和标准执行（专项支出应专款专用，不得超支），不得违反国家财政财务规章制度和财经纪律。年度终了，出入境检验检疫行政、事业单位应按照规定的核算方法和内容，对全年的收支活动进行全面的清算，如实反映全年的收支结余情况。
（二）出入境检验检疫行政、事业单位收入是指其在开展业务及其它活动中依法取得的非偿还性资金。包括：
１、预算外资金收入，即出入境检验检疫行政、事业单位收到的从中央财政专户核拨的预算外资金和部分经财政部核准不上缴中央财政专户管理的预算外资金。
２、事业收入，即从事纯技术性、辅助性和中介服务性业务且照章缴纳所得税的出入境检验检疫事业单位开展业务所取得的收入。
３、财政补助收入，即从财政取得的各项收入。
４、其它收入，即出入境检验检疫行政单位按规定不必上缴中央财政专户的有偿服务收入、捐赠收入、有价证券及银行存款利息收入等。
