３．项目完成后没有直接的经济效益，不具备偿还能力的可以免还（主要指基础研究、医疗卫生、软科学及新兴技术领域的风险项目等）。
４．对项目执行过程中，出现不可抗拒的因素而丧失偿还能力的，经项目单位所在地民政厅（局）审核提出意见，报人教司批准，可以酌情减免。
５．有偿使用经费的偿还期限，从签订合同之日起，最多不得超过三年。
６．项目承担单位如不能按期偿还资金时，应在技术合同规定的偿还期满前三个月提出正式书面申请，经项目单位所在地民政厅（局）审核提出意见，报人教司审批确定延期偿还期限。
７．有偿使用的经费回收后，仍作为科技三项经费使用，继续用于发展民政系统的科技事业。
（三）对无正当理由拒不偿还的，项目单位所在地民政厅（局）要作为担保单位责令其归还民政部，否则，以后将不再受理该项目单位对科研经费的申请。
（四）科技三项经费必须按照使用范围专款专用，不得滥支挪用。当年未用完的经费，可结转下年度继续使用，并接受计划部门的检查和监督。
三、申报、审批程序
（一）审报项目应在进行充分开题准备之后，填写《民政部科研计划任务书》。部内申报单位和各省、自治区、直辖市民政厅（局）对所申报项目进行初审、筛选后，组织有关专家对项目进行可行性论证，经专家论证同意后，将项目可行性论证报告连同项目申报表一式三份报人教司。
（二）人教司对申报的项目分类审核，在征询有关司局意见的基础上提出部科技计划建设项目，分送有关行业专家进行评议，提出书面意见。
（三）人教司对经专家评议认可的项目，根据年度计划安排意见，进行综合平衡，择优支持，提出年度科研计划报部领导审批。
（四）被批准纳入科研计划的项目，由人教司与项目承担单位及有关省、自治区、直辖市、计划单列市民政厅（局）作为甲乙丙三方签订技术合同，为保证科研计划的严肃性，丙方应当对技术合同的执行情况进行监督。
四、经费的划拨与回收
（一）科技三项经费实行预决算制度。人教司负责汇总列出预决算，综合计划司负责监督。
（二）项目经费按进度分期分批拨款。人教司按技术合同作出拨款计划，由综合计划司按技术合同规定的次数及数额核拨。
（三）有偿使用的经费到期时，由人教司和担保单位负责通知归还。收款手续由综合计划司办理。逾期不还，由人教司和综合计划司共同催还。
