申请投资重大科技开发项目者，首先填写《重大科技开发项目投资申请书》，报项目办公室，经专家组评议，并由国家中医药管理局科技教育司认定。
认定后的投资项目由项目办公室编制和发布《重大科技开发项目招标目录》，在全社会进行公开招标。
作为资信证明，招标目录公布前７天，投资方先交投资预算额的１０％，到项目办公室指定帐号，招标目录公布６个月，没有中标者全部退还；项目立项后，作为投资款全面转给项目执行方。
第六条 立项申请
根据《重大中医药科技开发项目招标目录》，项目申报者应向项目办公室提出项目立项申请。填写《国家中医药管理局重大科技开发项目立项申请书》，交纳一定的评审费，报项目办公室，进行投标。申请书需经上级主管部门或省、直辖市中医药管理部门审核；联合申请，需明确参加各方的权利与义务、责任与利益，各方均应签字盖章，并附合作协议书。
第七条 评审
国家中医药管理局科技教育司会同投资方，组织专家组，通过函审或会审的形式，对项目进行评估。必要时，申请者应到会进行答辩。
第八条 立项
国家中医药管理局科技教育司，根据投资者和专家组的意见，决定是否立项；同意立项后，由投资方和项目执行方签定《重大科技开发项目执行合同》；并由双方与国家中医药管理局科技教育司签字《重大科技开发项目立项合同》。立项后，项目将纳入国家中医药管理局科研基金重点项目管理，并以文件形式，正式予以确认和通知。
三、投资与权益
第九条 投资者可选择一项重大科技开发项目独资投入或两个以上投资者联合投入，也可投资几个重大科技开发项目。
第十条 投资者也可选择投资国家中医药管理局科研基金课题。该课题一旦被确定投入，即按重大科技开发项目进行管理，原资助经费同时停止，前期资助的课题经费将作为项目开发资金的一部分。
第十一条 投资方与项目持有方的各种权益、责任和义务均在合同中约定。
第十二条 作为技术受让方的投资者，在获得该项目技术后，必须在合同约定的期限内组织生产或转让给更有实力的企业。若投资者中途无力继续实施该项目，合同其它方根据合同有权中止合作，并重新选择投资者。
