第十五条 各区域中心对转接的异地跨行交易按其成员行进行清分，产生区域中心清分差额和各成员行需清算资金的差额，产生“银行卡跨行业务资金清算差额表”和“银行卡跨行业务资金清算凭证”，交其开户的所在地人民银行营业部办理资金清算。
第十六条 总中心负责向人民银行总行营业部提供其联网会员单位的资金清算信息，区域中心负责向其所在地人民银行分行营业部提供其会员单位的资金清算信息。人民银行总行营业部依据总中心和区域中心提交的“银行卡跨行业务资金清算平衡表”（或“银行卡跨行业务资金清算差额表”）和“银行卡跨行业务资金清算凭证”办理资金汇划及结算。
第十七条 未在人民银行总行开户的外埠商业银行总行，由总中心将资金清算信息发送给商业银行总行，当其清算差额为付差时，由其主动开具清算凭证送其所在地人民银行分行营业部办理资金汇划及结算。
第十八条 人民银行总行营业部在总中心账户收妥付差商业银行和付差区域中心所在地人民银行上划的清算差额后，再根据总中心开具的”银行卡跨行业务资金清算凭证“借记总中心账户，贷记收差商业银行准备金存款账户，并向收差区域中心所在地人民银行下划清算差额。
第十九条 若区域中心的清分差额为付差，则由其所在地人民银行营业部根据区域中心提交的清算凭证借记和贷记有关成员行账户后，将差额汇至总中心在人民银行总行营业部开设的清算账户。反之，则待收到总中心汇划的收差后，再由其所在地人民银行营业部根据区域中心提交的清算凭证借记或贷记区域中心各成员行准备金存款账户。
第二十条 为保证银行卡异地跨行业务资金清算按时完成，清算资金差额为付差的各会员单位，在日期切换后人民银行的第一个工作日１２：００之前，将款项汇至总中心在人民银行总行营业部开立的存款账户。人民银行总行营业部在收到总中心清算数据的当日将款项汇往收差的会员单位。
第四章 清算纪律和责任
第二十一条 参与银行卡异地跨行业务资金清算的各会员单位应恪守信用，履约付款，严格按上述规定和做法办理资金清算，不得拖延或拒绝办理。
