实行棉花收购、加工的资格认定制度。棉花收购单位必须有规定数量的自有资金、具备执业资格的质量检验人员和必要的仓储设施；棉花加工单位必须有符合规定的设备和经营场所。具体资格和条件，由省级人民政府制定，省级工商行政管理部门会同质量技术监督部门负责资格审定并严格监督。资格审定要充分听取经贸委和供销社的意见。对未经批准擅自从事棉花收购、加工的单位和个人，要严肃查处。
目前全国籽棉加工能力已严重过剩。棉花经营渠道拓宽后，各地不得新上籽棉加工项目，更不得生产和使用已被取缔的小轧花机、土打包机。棉花收购、经营单位可以通过联营、租赁、兼并等形式，充分利用供销社棉花经营单位现有设施和加工能力。
四、完善储备棉管理体制，实行储备与经营分开
为确保国家对棉花市场的有效调控，必须强化国家对储备棉的管理，使之储得进、调得动、用得上，并能出陈储新，定期轮换。国家根据宏观调控需要和中央财政承受能力确定国家储备棉规模。储备棉的收储、轮换、抛售计划以及收购和出库价格，由国家计委会同国家经贸委、中国农业发展银行等有关单位制定。国家储备棉收购资金由中国农业发展银行安排专项贷款，实行库贷挂钩，封闭运行。储备费用、利息由中央财政负担，具体标准和管理办法由财政部商有关部门制定。
国务院继续委托供销合作总社承担国家储备棉管理任务，负责具体组织储备棉的购进、抛售、调运、轮换；通过招标和签订合同的方式落实国家储备棉的承储单位，并对储备数量和储备棉质量进行经常性的检查监督。国家储备棉棉权属国务院，任何单位和个人都不得擅自动用。凡承担国家储备棉任务的企业，必须坚持专库、专账、专人管理，将国家储备棉与企业自行经营的棉花严格分开。不具备上述条件的企业，不能承担国家储备棉任务。国家审计机关要加强对国家储备棉承储单位的审计监督。
省级政府根据本省（自治区、直辖市）棉花供求平衡形势，自行确定是否建立地方储备，储备数量报国家计委备案，所需费用、利息等由同级财政支付，参照国家储备棉管理办法进行管理。
五、推行公证检验制度，加强对棉花质量的监督管理
棉花经营渠道拓宽后，有关部门要进一步加强棉花质量、标准的管理和监督。供销社棉花企业及其他棉花经营单位都必须严格执行棉花检验规程和质量标准，确保收购、加工、调拨和储备各环节的棉花质量。各级质量技术监督部门及其所属专业纤维检验机构要做好棉花收购、加工、调拨、储备等环节的质量监督执法工作，对掺杂使假、以次充好等破坏棉花资源的行为要严厉打击。逐步推行棉花公证检验制度。从１９９９年度起，首先做到，国家委托专业纤维检验机构对国家储备棉入库、出库实行强制性公证检验，检验证书作为国家掌握储备棉数量、质量的凭证和财政支付费用、利息的主要依据；对经营性棉花实行申报公证检验，供需任何一方都可委托专业纤维检验机构进行公证检验，检验证书和为双方结算货款的依据；公证检验不收取费用，实施办法由国家质量技术监督局据此原则商有关部门制定。
