外经贸部对四种商品加工贸易配额总量的分配实行部、省两级审批。
（一）各省级外经贸外资管理部门应于每年１０月３１日前向外经贸部外资司报送本地区下一年度企业开展四种商品加工贸易业务所需进口的原材料计划（附企业清单），外经贸部根据上报的计划和海关统计中各地加工贸易的实际执行情况进行审核汇总并纳入全国进口配额总量。
（二）国家批准的加工贸易项下四种商品进口配额总量由外经贸部于当年１１月切块下达到省级外经贸外资管理部门，省级外经贸外资管理部门应在外经贸部下达的配额额度内审批本地区企业的四种商品加工贸易合同。
外商投资企业进口配额总量的分配原则是，根据审核汇总的各地区配额量在上报进口配额总量中的比重，切块下达国家批准的进口配额总量中外商投资企业的进口配额。
第十二条 外经贸外资管理部门在收到核定合格企业的全部申请材料后５个工作日内，办理四种商品加工贸易合同审批手续，并同时签发《外商投资企业加工贸易进口配额证明》（附件三，以下简称“证明”）；《证明》须加盖外商投资企业进口审核专用章；对于不予发放《证明》的企业，外经贸外资管理部门应于５个工作日内给予答复。
（一）加工贸易项下四种商品进口配额当年有效，签发的四种商品进口《证明》有效期为６个月，６个月内不办理有关进口手续的，其《证明》自动作废。
（二）外经贸部根据各地企业加工贸易进口配额的实际使用情况，每年７月对各地进口配额额度进行一次调整。
第十三条 外经贸部配额许可证事务局和外经贸部驻各地特派员办事处在外经贸部下达各地的进口配额总量内，凭外经贸外资管理部门签发的《证明》和加工贸易合同审批文件，核发四种商品的进口许可证。
第十四条 海关凭《证明》和省级外经贸部外资管理部门批准的有关合同批件办事加工贸易登记手续；凭进口许可证和加工贸易登记手续验放进口原材料；复出口制成品属出口配额许可证管理的，凭出口许可证和加工贸易登记手续验放。企业加工后产品因故转内销的，须报外经贸部批准，海关凭外经贸部的批件办理有关手续。
第四章 备案制度
第十五条 各地海关要加强与省级外经贸外资管理部门的联系，及时沟通情况，反馈信息，密切配合。对到期后无法提交四种商品进（来）料加工业务核销单（统一格式见附件四、五），未能加工或出口核销的企业，有关审批机关不再审批新的加工贸易业务，海关不予登记备案。
