第十四条 主管税务机关接到纳税人报送的纳税申报表及有关资料后，应及时认真审核。审核的主要内容有：资料是否齐全、申报的项目是否完整、是否符合逻辑关系、是否进行纳税调整等。如发现纳税人的申报有计算错误或有漏项，应及时通知纳税人进行调整、补充、修改或限期重新申报。
第十五条 纳税人已预缴的税款少于全年应缴税款的，应在年度终了后４个月内结清应补缴的税款。预缴税款超过应缴税款的，主管税务机关应及时办理退税，或者抵缴下一年度应缴纳的税款。
第十六条 申报期结束后，税务机关应组织企业所得税检查。检查对象的确定：上级税务机关有统一要求的按统一要求执行，没有统一要求的，由主管税务机关根据日常管理和纳税人年度纳税申报情况，通过分析、筛选确定，对税源大户、汇总或合并纳税成员企业、连续亏损企业、历年检查中问题较多的企业、财务管理混乱的企业应作为检查重点。
第十七条 汇算清缴工作结束后，主管税务机关应将纳税人报送的年度
企业所得税纳税申报表及其附表、会计决算报表及主管税务机关要求报送的其他有关资料，及时进行归集整理，对纳税人申报纳税情况进行评估、分析，为企业所得税的检查和管理工作提供线索和建议。
第十八条 各地税务机关每年都要认真总结汇算清缴工作，写出书面报告逐级上报。各省、自治区、直辖市和计划单列市国家税务局和地方税务局，应在每年６月１５日前将上年汇算清缴工作总结报告、年度企业所得税税源报表上报总局。年度企业所得税税源报表软盘不再通过邮寄方式上报，数据可通过税务系统广域网，以电子邮件方式发送到总局所得税司邮箱。总结报告的内容包括：
（一）汇算清缴工作的基本情况；
（二）税源分析；
（三）税收政策贯彻落实情况及存在问题；
（四）企业所得税管理经验、问题及建议。
企业所得税税源年度报表按《
国家税务总局关于下发〈企业所得税税源年（季）度汇总表〉的通知》（国税函发〔１９９４〕２７９号）制定的企业所得税税源年（季）度报表（包括６张附表）格式及有关要求统计编报。税源分析作为汇算清缴总结的一项内容按《企业所得税源报表考核评比办法》（国税函〔１９９６〕４６０号）的要求口径办理。
