（八）承办全国人大常委会和国务院交办的与香港特别行政区有关的法律事宜；对落实
香港特别行政区基本法和
澳门特别行政区基本法涉及的有关法律问题提出意见和建议。
（九）对中央驻香港、澳门机构提出的有关事宜提供意见、建议和工作协助。
（十）统筹、协调与澳门政权交接和平稳过渡有关的各项准备工作；负责澳门特别行政区筹委会的组织工作，承担澳门特别行政区筹委会秘书处的具体工作。
（十一）会同有关部门指导中英、中葡联合联络小组和中葡土地小组的工作。
（十二）做好香港、澳门各界人士到内地访问的有关工作；承办中央领导同志会见香港、澳门人士的有关事宜。
（十三）承办国务院交办的其他事项。
二、内设机构
根据以上职责，国务院港澳事务办公室设５个职能司：
（一）秘书行政司（人事司）
负责秘书、文书、机要、档案、信访、保密、保卫、图书资料等工作；负责机关财务、房产、基本建设、物资设备等行政管理工作；负责起草综合性文件，管理驻香港信息组；负责机关人事、劳动工资、机构编制管理工作；承办机关党委的日常工作。
（二）香港经济司
负责对香港的经济、金融情况进行调查研究；参与研究拟定促进香港与内地在经济、金融、贸易、科技、旅游等方面进行合作与交流的具体政策和措施；研究拟定驻香港中资企业和向香港输出劳务的政策；参与有关机构设置和人员派出的审批和管理工作；参与内地企业和驻香港中资企业在香港的重大经营业务的协调工作；负责因公赴香港经贸人员的审批工作。
（三）香港政务司
负责对香港的政治、法律情况进行调查研究；负责中央人民政府及中央各部门和各省、自治区、直辖市人民政府与香港特别行政区政府的工作联系和官方往来事项；审核内地副省（部）级以上干部因公赴香港事项；归口办理因公《往来香港特别行政区通行证》的工作；负责香港特别行政区官员到内地访问、短期培训等安排；承办全国人大常委会、国务院交办的与香港有关的法律事宜；承办中央驻香港机构提出的有关事宜；承担中英联合联络小组的有关工作。
（四）香港社会文化司
负责对香港的社会、文化、舆论等方面的情况进行调查研究；研究、提出加强香港的基层和社团工作的政策措施；研究拟定香港与内地在传媒、教育、科技、文化、出版、康乐、卫生、宗教和社会福利等方面进行合作与交往的具体政策；负责因公赴香港的教育、科技、文化、宗教等人员的审批工作；研究、处理涉及港台关系的有关事宜；审批香港传媒到内地采访及交流的事项；宣传
香港特别行政区基本法。
