原国务院住房制度改革领导小组撤销后，其工作由建设部承担。
原国务院特区办公室承担的中国－－新加坡两国政府苏州工业园区联合协调理事会的中方组织、联络和协调工作，移交给对外贸易经济合作部负责。
二、主要职责
根据以上职能调整，国务院经济体制改革办公室的主要职责是：
（一）根据国务院的统一部署，组织有关部门和研究机构对重大经济体制改革和对外开放的方案进行研究和论证，为国务院决策提供建议和咨询。
（二）根据国务院领导同志授权，办理有关专项改革开放方案实施中的衔接工作，跟踪调查改革开放方案的执行情况，及时提出对策建议。
（三）调查研究改革开放重大方针、政策的实施情况，及时总结经验，分析研究新情况、新问题。对关系重大的深层次和全局性问题进行超前研究。
（四）调查研究经济特区和开放地区建设发展中涉及全局性的政策性问题，总结经验，研究涉外经济体制改革中的重大问题。
（五）开展改革开放方面的国际交流与合作，组织开展国际经济研究和中外体制比较研究，跟踪研究国际体制转轨的经验。
（六）承办国务院交办的重大研究课题和其他事项，承担国家经济体制改革委员会的具体工作。
三、内设机构
根据上述职责，国务院经济体制改革办公室设６个职能司：
（一）秘书行政司（人事司）
负责办理机关秘书、文电、档案、信息、人事、保密、保卫、财务、房产等行政工作和机关党委的日常工作。负责直属事业单位的管理工作。
（二）综合调研司
起草国务院经济体制改革办公室的综合性文稿，牵头研究经济体制改革中的综合性、全局性问题，组织对中长期改革方案的跟踪调查，研究改革开放的理论和经济体制改革与科技、教育体制改革的衔接问题，研究城乡经济、地区经济协调发展涉及的体制问题。
（三）宏观体制司
研究论证计划投资、财政税收、金融外汇、收入分配、就业保障等重大体制改革问题以及相应的配套措施；进行宏观经济管理体制重点问题研究和经济形势分析，提出对策建议。
（四）产业与市场体制司
研究所有制结构调整的政策措施，研究政府管理经济方式和产业结构调整的重大改革问题。调查研究国民经济市场化的重大问题，研究论证粮棉流通体制、住宅市场和各类要素市场的改革问题，跟踪研究建立市场体系过程中的实际问题，提出政策建议。
