集体企业在资产清查时如盘盈资产大于盘亏资产，其净盘盈资产经同级税务部门会同清产核资机构审批后可作增加企业资本公积处理。
四、集体企业（非金融）在清产核资中清理出的各项应收帐款，凡符合坏帐核销条件的，经审批后可作为坏帐损失进行处理。企业坏帐核销条件一般为：一是呆帐发生三年以上，符合现行财务会计核销处理规定；二是不足三年，但有司法等有关部门提出对方企业破产、倒闭或债务人死亡的证明材料；三是不足三年，但经企业主管部门专案处理并出具同意核销的证明材料。
在清产核资中，集体企业各类坏帐按规定处理后应采取“帐销债留”的方式，继续保留对债务人的索债权利。
五、集体企业在清产核资期间自行清理过去的各项帐外资产、资金（含各类帐款、“小金库”）或没有按控制社会集团购买力规定办理购置手续的物品（含固定资产），凡主动清查上报及时入帐，或积极补办有关手续，在财务检查和审计中一般不再追究违纪责任。
六、对集体企业清产核资中清理出来的按现行财务制度规定应入帐而尚未入帐的专利权、非专利技术、商标权等无形资产，经有关部门确认后及时作价入帐（已发生转让的可按转让价格入帐），归集体企业集体所有。
七、对清产核资清理出的职工福利费（含医药费）超支挂帐数额较大的集体企业，凡目前经营效益较差的企业，经同级税务部门、清产核资机构批准可一次性冲减企业公益金、盈余公积金；对目前经营效益较好的企业，根据企业的承受能力，经同级税务部门会同清产核资机构批准可在费用中列支中解决一部分。
八、集体企业在清产核资中清理出以前政府部门应补未补的款项，报经清产核资机构审查核实后，由当事部门按规定予以补足；对一时难以全额补足的，有关部门要分期分批予以解决，或签定归还协议在一定期限内解决。
九、对集体企业在清产核资中清理出的以前年度欠交的能源交通重点建设基金和国家预算调节基金，凡处于停产、半停产、亏损的集体企业，按照财政部、
国家税务总局《关于继续做好国家能源交通重点建设基金和国家预算调节基金清欠工作的通知》（财综字［１９９７］１号）精神，可全额豁免所欠“两金”。
