（１）国家和地方重点保护水生动植物的集中分布区、主要栖息地和繁殖地；
（２）代表不同自然地带的典型水生动植物生态系统的区域；
（３）国家特别重要的水生经济动植物的主要产地；
（４）重要的水生动植物物种多样性的集中分布区；
（５）尚未或极少受到人为破坏，自然状态保持良好的水生物种的自然生境；
（６）具有特殊保护价值的水生生物生态环境。
第七条 水生动植物自然保护区分为国家级和地方级。
具有重要科学、经济和文化价值，在国内、国际有典型意义或重大影响的水生动植物自然保护区，列为国家级自然保护区。其他具有典型意义或者重要科学、经济和文化价值的水生动植物自然保护区，列为地方级自然保护区。
第八条 国家级水生动植物自然保护区的建立，需经自然保护区所在地的省级人民政府同意，由省级人民政府渔业行政主管部门报国务院渔业行政主管部门，经评审委员会评审后，由国务院渔业行政主管部门按规定报国务院批准。
地方级水生动植物自然保护区的建立，由县级以上渔业行政主管部门按规定报省级人民政府批准，并报国务院渔业行政主管部门备案。
跨两个以上行政区域水生动植物自然保护区的建立，由有关行政区域的人民政府协商后提出申请，按上述程序审批。
第九条 水生动植物自然保护区的撤销、及其性质、范围的调整的变化，应经原审批机关批准。
第十条 国务院渔业行政主管部门水生动植物自然保护区评审委员会，负责国家级水生动植物自然保护区申报论证和评审工作。
省级人民政府渔业行政主管部门水生动植物自然保护区评审委员会，负责地方级水生动植物自然保护区申报论证和评审工作。
第十一条 水生动植物自然保护区的范围和界线由批准建立自然保护区的人民政府确定，并标明区界，予以公告。其具体范围和界线应标绘于图，公布于众，并设置适当的界碑、标志物及有关保护设施。
第十二条 水生动植物自然保护区按照下列方法命名：
国家级水生动植物自然保护区：自然保护区所在地地名加保护对象名称再加“国家级自然保护区”。
地方级水生动植物自然保护区：自然保护区所在地地名加保护对象名称再加“地方级自然保护区”。
