农村合作医疗制度是农民通过互助共济，共同抵御疾病风险的制度。举办农村合作医疗，要坚持民办公助、自愿量力、因地制宜的原则。筹资以个人投入为主，集体扶持，政府适当支持。农民个人交纳的费用是农村合作医疗资金的主要来源。要通过宣传教育提高农民自我保健和互助共济意识，积极引导农民自愿交纳农村合作医疗资金。要因地制宜地根据当地的经济水平和群众的承受能力，确定合作方式、筹资标准和报销比例，经村民会议讨论后写入当地农村合作医疗章程，由农民群众照章办理。在经济发达地区，筹资数额和报销比例可以高一些，使农村合作医疗具有较高的保障水平并可逐步向社会医疗保险过渡。在经济欠发达地区，筹资数额和报销比例可以根据当地实际情况从低点起步，随经济发展和农民生活水平的提高而逐步提高。
乡、村集体经济的投入是农村合作医疗资金的重要组成部分，起到扶持的作用。村提留公益金中应有一定数额用于农村合作医疗。具体比例由集体经济组织依据实际情况确定，应随着经济的发展逐步提高。
地方各级人民政府应根据各自财力，以不同方式引导、支持农村合作医疗的建立和发展。
农村集体经济组织应适当资助农村优抚对象和特困户交纳农村合作医疗资金。
农民自愿交纳的农村合作医疗费用，属于农民个人消费性支出，不计入乡统筹、村提留。
三、注重科学管理，实行民主监督，使农民真正受益
办好农村合作医疗，必须注重科学管理，实行民主监督。要管好用好农村合作医疗资金，专户储存，专款专用，取之于民，用之于民，使农民真正受益。要做到以收定支，量入为出，略有结余。要按照管理和监督分开的原则，加强对农村合作医疗的管理和监督工作。要建立资金筹集、报销、卫生服务、管理监督等制度并认真执行。各级农村合作医疗管理机构应定期向同级人民政府汇报工作并接受同级人民代表大会的监督。
四、加强领导，积极稳妥地推动农村合作医疗的健康发展
（一）地方各级人民政府要加强对农村合作医疗的领导。开展农村合作医疗涉及广大农民的切身利益，涉及农村工作的全局，涉及各有关部门，政策性强，难度大，只有政府高度重视，切实加强领导，把组织、引导、支持农村合作医疗作为政府行为，才能推动农村合作医疗顺利开展。县、乡（镇）两级政府要有领导同志分管农村合作医疗。各级卫生行政部门作为政府主管卫生工作的职能部门，要充分发挥好参谋助手作用。农业、财政、计划、民政、教育、计划生育等有关部门应各负其责，密切配合，共同做好这项工作。
