农村初中生辍学严重。调研组普遍感到这是“两基”工作的难点，影响“两基”达标和达标后的巩固与提高。调研组在湖南省长沙县（经济条件较好）和慈利县（经济条件较差）各抽查了两所中学，其中长沙县江背中学三年辍学率为3.03%，唐田中学为2.16％，慈利县零溪中学为8.07％，朝阳中学为23.33％。四所学校初一入学学生总数为1274人，到初三共辍学78人，辍学率为6.1％。辍学的78人中，因家庭困难的41人，占52.6％，因学习困难的33人，占423%，因病1人，违法3人，占5.1%。
　　少数民族地区教育落后。这次调研的少数民族地区主要是西藏自治区和四川省阿坝藏族羌族自治州松潘县。西藏基础教育几十年发展的成绩巨大，但因起点低、基础差、教育成本高、投入不足、管理水平不高等原因，仍存在许多突出的问题和困难。突出表现是入学率低，全区适龄儿童入学率83.4%，低于全国平均水平99.1%近16个百分点；初中毛入学率只有28％，低于全国平均水平87.5%近60个百分点；青壮年文盲率高达42%，比全国平均水平高出37个百分点。“普六”、“普九”及扫除青壮年文盲的任务相当艰巨。地广人稀，居住分散，学生上学不方便，住宿制学校条件差，校舍危房比例高，加上农牧民认为子女上不上学长大都种田放牧的传统观念浓厚，是西藏小学、初中入学率低的重要原因。近年来达赖集团对送到他们在印度办的学校的学生实行“五免”（免学费、书本费、住宿费、伙食费、服装费），对边境地区影响很大，据不完全统计，1999年仅日喀则地区送子女出去读书的就有200多人。松潘县1999年小学入学率85％，辍学率7.68％，15周岁人口小学毕业率只有60％；初中入学率43.75％，辍学率9.5%，17周岁人口初中毕业率只有40%。按照1997年阿坝州实施义务教育规划，松潘县应在2004年完成“普九”，但截止1999年底，全县仅完成5个乡的“普九”任务，占乡镇总数的20％，其他乡镇“普九”：的基础和条件都差得很多。全县每年需义务教育经费1800万元，而县财政收入才1300万元。
　　一些地区教育管理混乱，缺乏监督机制。据四川省阿坝州反映，中央和省有关部门每年都有专项资金拨到州里，由州再拨到县，如援藏资金、扶贫资金、义务教育专项资金等，这些资金都没有单列，没经过教育部门，而由州、县统筹发了机关和事业单位的人工资了。“九五”期间共挤占教育专款4000多万元。此外，不少学校非教学人员过多，教育教学管理混乱。调研组所到的几所学校，校园脏、乱、差。校长和教师讲，上面很少有人到学校看看，更谈不上解决问题。造成这种状况的一个重要原因，是各级教育行政部门管理不力，不少校长素质较差。同时，也与缺乏自上而下的督导机制有关。尽管占全省47.61%的地（市、州）和58.56%的县（市、区）建立了人民政府教育督导室，但由于省政府没有教育督导机构，致使全省教育督导工作处于缺乏宏观指导、各自为战、软弱无力的状况。

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