国务院机构改革方案的实施步骤如下：
新组建的9个部、委，从本次大会批准之日起，在3个月内完成组建工作，并转入正常运行。
撤销的12个部、委在本次大会批准之后，要尽快与新组建的部、委办理交接工作，包括职能的转移、业务工作的衔接等。在交接未结束、新机构未转入正常运行以前，工作人员还要坚守岗位，以防止正常工作脱节。
其他部门的机构改革“三定”方案，于6月底以前提出，第三季度完成内部机构的调整和人员精简任务。
今年第四季度，将对国务院各部门机构改革的实施情况进行全面检查。凡是不合格的，要坚决采取措施加以弥补；机构改革中的遗留问题要尽快处理，以确保
国务院机构改革方案的实现。
经国务院批准有16个城市正进行机构改革试点，已取得很大进展，应继续进行。试点城市和各省、市、自治区改革后的机构设置，可不按国务院改革方案搞上下对口。
在讨论修改机构改革方案过程中，大多数同志对这个方案是赞成的，但也提出了一些问题，其中有的要在今后工作中加以注意，有的则是认识问题。主要有以下几个问题。
（一）对这次机构改革的估量问题。
有的同志认为这次机构改革步子不大，同现代化行政管理体系的要求还有差距。我们应当看到，建立一整套现代行政管理体系，需要具备许多条件。政府从以直接管理企业为主转到间接管理为主，要有一个过程；政治体制和经济体制改革正在深入开展，在新旧体制交替过程中，机构职能的转变、工作方式的改变以及新的工作秩序的形成，不可能一下子完成，机构改革也不可能“毕其功于一役”，只能随着经济、政治体制改革的深化和完善而逐步展开，分步进行。因此，这次机构改革带有一定的过渡性。这次机构改革虽然撤销的机构不是很多，但衡量机构改革的成果，不单纯是看撤销了多少机构和减少了多少人员，而是看机构职能转变的状况。该增的增，该撤的撤，不搞简单合并。就是保留的机构，也要按照政企分开的要求，转变职能，下放权力，调整内部结构和精简人员。从这个意义上说，这次机构改革的步子并不算小，可以说是一次全面性的改革，这个改革方案是符合实际的，是可行的。实现这个方案，对增强机构活力、提高工作效率、减少工作中职能交叉和机构重叠状况，将是一次不小的推动，也为以后政府机构的进一步改革打下良好基础。
