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主要职责：把握规划方向，组织审定规划重要成果，协调解决规划编制中出现的重大问题。
（二）领导小组办公室
规划编制领导小组办公室设在环境保护部污染防治司，环境保护部污染防治司为办公室主任单位，国家发展改革委地区司、水利部水资源司为办公室副主任单位，工业和信息化部节能司、住房城乡建设部城建司、环境保护部规划财务司、科技司、总量司、环评司、监测司、生态司、环境监察局为成员单位。
主要职责：进行规划编制组织工作，筹备领导小组会议及各阶段编制工作会议，组织进行规划各阶段成果审查，负责落实规划编制的总承担单位，筹办规划编制有关费用。
（三）联络员：环境保护部污染防治司、国家发展改革委地区司、水利部水资源司、工业和信息化部节能司、住房城乡建设部城建司各指派一名处级同志担任联络员。
主要职责：落实领导小组和领导小组办公室各项指示，筹备领导小组办公室会议，协调规划编制过程中的日常工作，组织规划编制指导组对规划阶段性成果进行审查，向领导小组办公室提交重要会议纪要及规划成果。
《太湖流域水环境综合治理总体方案》、《丹江口库区及上游水污染防治和水土保持规划》的修编工作，由国家发展改革委牵头，会同有关部门开展。
（四）规划编制指导组
组长、副组长（各1名）：环境保护部、国家发展改革委、水利部联合推荐
成员（若干名）：环境保护部、工业和信息化部、财政部、国土资源部、住房城乡建设部、交通运输部、水利部、农业部、海洋局、国务院三峡办分别推荐
主要职责：按照领导小组和领导小组办公室的要求，在规划编制过程中，对规划编制组进行指导；对规划编制过程中出现的部门间及中央与地方间产生的重大分歧、问题向领导小组办公室提供解决建议；对重要阶段性成果和最终成果进行审查，向领导小组办公室提交重要报告审查意见。
（五）规划编制组
规划编制组由规划编制总体组和松花江、辽河、海河、淮河、黄河中上游、巢湖、滇池、三峡库区及其上游8个流域规划编制小组组成。
1.规划编制总体组
组长、副组长：环境保护部、国家发展改革委、水利部联合推荐
成员（若干名）：环境保护部、国家发展改革委、工业和信息化部、财政部、国土资源部、住房城乡建设部、交通运输部、水利部、农业部、国务院三峡办分别推荐
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