关于开始执行税收协定的时间，在我国是协定生效后的次年１月１日或以后开始的纳税年度取得的所得；在马来西亚是协定生效后下一个日历年的次年１月１日或以后开始的征税年及以后的征税年征收的马来西亚税收。虽然双方在写法上不同，但所指都是同一年度的所得，例如，如果协定于１９８６年生效，在我国适用于１９８７年１月１日或以后开始的纳税年度取得的所得；在马来西亚适用于１９８８年１月１日或以后开始的征税年及以后的征税年所征收的税收。按马来西亚税法规定，１９８８年１月１日以后征收的税收系对１９８７年的所得征的税。因此协定适用的时间对双方是相同的。
税收协定第二十九条终止条款同生效的写法一致，可比照办理。
附件一：
马来西亚所得税法的有关优惠条款译文(参阅资料)
54A海运利润的免税
(1)依照下列各项规定，当一个在征收年度的基年(即纳税年度--译注)是居民的人在马来西亚船上从事海上客运和货运时，对其从该经营活动取得的该征收年度的法定所得免予征税。
(2)在确定本项下一个人的所得时：
(a)马来西亚船只可要求的投资优惠扣除只限于本条规定的免税所得，并且，该项扣除的余额不得在该人其他收入中扣除；
(b)该人在任何年度经营马来西亚船只所发生的调整后的损失只能在本条款规定的免税所得中扣除，并且，该项损失的余额不得在该人其他收入中扣除。
(3)下述规定适用于在马来西亚船上从事客、货运输的人：
(a)为本条目的，该人应保持一本单独记载从事该项业务从每条马来西亚船只取得的，或视为取得的收入账册；
倘若该人发生了非直接属于马来西亚船只的费用，总局长可以划拨一笔数量相当于该船只在正常营业情况下可能发生的合理费用。
(b)一俟马来西亚船只的一笔收入按本条规定免税，该收入额应记入免税账目的贷方。
(c)当该人用其免税收入支付股息，在支付之日冲销该免税账目时，应将相当于该股息和冲销额中较小的数额，记入该账目借方；
(d)任何在基期内从免税账目中支付、冲销或分配的股息均予免税。
(e)当该股息分配给股东，并且该股东为一个公司时，由该持股公司付给其股东的任何股息，如果总局长确信其支付的股息是来自免税股息，则应对这些股息免税；
(f)108条不适用于该股息
(4)该人应在接到书面通知后，按总局局长指定的任何日期，随时提交有关第(3)款内各项账目的副本。
