1、根据《建设项目水资源论证导则（试行）》（SL/Z322－2005）（以下简称《导则》）的有关规定，区别建设项目的不同类型、规模，结合区域水资源条件与经济发展要求，突出水资源论证工作重点。要坚持总量控制与定额管理相结合的原则，统筹考虑已建、在建及拟建建设项目的综合影响；坚持开发利用与保护相结合的原则，统筹考虑建设项目取水、用水以及取退水影响的分析。要避免出现重视取水、忽视退水，重视用水、忽视节水，重视区域配置、忽视流域配置，重视经济用水、忽视生态用水等现象。
2、严格按照水资源论证审查的有关规定受理、审查报告书，同时要结合建设项目的类别、性质等，组织相关部门、行业的专家及相关流域机构或省级水行政主管部门、取退水口所在地地级或县级水行政主管部门、建设项目业主单位参加审查，进行现场查勘，并填写《建设项目水资源论证报告书专家评审表（试行）》（见附件）。
3、鼓励水资源论证资质单位（以下简称资质单位）之间开展横向合作，发挥各自的技术优势，联合编制报告书。同时可结合自身技术特点，聘请相关的专业技术人员开展水资源论证工作，但所占比例不应超过总编制人员的三分之一。
三、加强领导，深化管理，促进水资源论证工作水平的稳步提高
1、各有关单位要加强领导，提高认识，明确责任，认真组织建设项目水资源论证工作的开展；要加大建设项目水资源论证工作的宣传力度，提高全社会对建设项目水资源论证工作重要性的认识；要总结经验、结合实际，勇于创新，逐步建立适合本地区、本流域特点的水资源论证规章制度和有关技术标准体系，采取有效措施全面推进水资源论证工作。
2、各级水行政主管部门、各流域机构要结合《导则》、《建设项目水资源论证报告书专家评审表（试行）》，对水资源论证资质单位、评审专家及审查机关实施监督管理。我部委托省级水行政主管部门，按照属地化管理原则，对区域内的水资源论证甲级资质单位（包括国务院各部委（局、总公司）直属单位中的资质单位）、评审专家实行监督管理。其中，流域机构直属单位中的评审专家、资质单位，由流域机构负责实施监督管理。
此外，我部每年不定期对资质单位编制的论证报告书进行抽查。被抽查到的资质单位应在指定的时间内，携带被抽查到的报告书及相关材料到我部接受专家评议。经检查及专家评议，发现资质单位在水资源论证活动中有严重违规行为，或报告书质量确属不合格的，对该资质单位予以通报批评，情节严重或一年内连续通报两次的将由原发证机关降低其资质等级或吊销其资质。
