政策不明确。农业农村信息化是一项惠及亿万农民的公益性事业，亟需各项政策扶持。我国目前尚没有专门针对农业农村信息化的政策法规，各地缺乏面向农业企业、农民专业合作社、农民的各种优惠政策，导致各地发展农业农村信息化的动力不足。
技术不成熟。目前，我国农业信息技术产品主要产自高校和科研院所的实验室，科研成果转化率和产业化率不高，集成示范应用力度不够，农业生产经营信息化所需的低成本、高质量的信息技术产品严重滞后，阻碍了我国农业信息技术的应用与推广。
机制不灵活。我国农业农村信息化发展尚没有形成长效的运营机制，政府、农业企业、电信运营商以及IT企业等主体在农业农村信息化推进过程中的角色定位不明确，政府不够主动，企业不够积极。如何建立并完善农业农村信息化工作的长效运营机制是“十二五”时期我国农业农村信息化推进工作面临的一大难题。
管理不规范。我国农业农村信息化建设多头并进，为信息化的发展注入了生机与活力，但也不可避免地出现了条块分割、各行其道的局面，信息孤岛现象严重。同时，由于缺乏相应的农业农村信息化标准规范，导致农业农村信息化推进工作职责不明、管理不力，运行不畅，建设无序。
二、指导思想、基本原则和发展目标
（一）指导思想
以邓小平理论、“三个代表”重要思想为指导，深入贯彻落实科学发展观，全面贯彻党的十七届三中、五中全会精神，按照在工业化、城镇化深入发展中同步推进农业现代化的要求，以保障农产品有效供给、农产品质量安全、农民增收为目标，以全面推进农业生产经营信息化为主攻方向，以农业农村信息化重大示范工程建设为抓手，完善农业农村信息服务体系，探索农业农村信息化可持续发展的运行机制，着力强化政策、科技、人才、体制对农业农村信息化发展的支撑作用，不断提高信息化服务“三农”的水平。
（二）基本原则
坚持政府主导，社会参与。农业农村信息化建设具有一次性投入大、投资回报周期长的特点。在当前农民信息消费能力较低，农业农村信息化市场运作机制不完善的形势下，迫切需要强化政府的主导作用，并积极鼓励引导电信运营商、IT企业、高等院校、科研院所和农民专业合作社等各种社会力量参与，形成推进农业农村信息化发展的合力。
坚持创新发展，示范带动。注重把握信息技术和现代农业的发展趋势，创新农业农村信息化发展的技术、模式和机制，推动农业农村信息化快速、可持续发展。以工程带动为主要手段，在全国合理布局农业农村信息化重大示范工程，通过示范引入、中试熟化、以点带面，促进全国农业农村信息化的跨越式发展。
坚持协同共享、注重实效。统筹规划，加强部门、行业和企业的协调，积极探索农业农村信息化基础设施、信息资源、服务体系共建共享、互联互通模式，并立足当前实际，把握关键问题，科学设置建设任务，避免重复建设和资源浪费，确保各项工作取得实效。
坚持规范运作、安全可控。建立规范的农业农村信息化工作流程和监督机制，制定和完善相关标准，并强化制度和标准执行力度。坚持重大信息系统建设与信息安全建设并重，加强政策引导，坚持自主可控，强化对非自主信息安全技术与产品的管理监控，提高可控性。
（三）发展目标
根据全国农业和农村经济发展的总体要求，结合对未来五年我国农业农村信息化发展形势的基本判断，遵循“十二五”时期农业农村信息化的指导思想和基本原则，今后五年农业农村信息化发展的总体目标是：
