注册会计师要充分认识企业内控审计业务的特殊性，尽早与客户沟通，以便为客户整改内控缺陷预留充足时间；要立足于整合审计，充分考虑财务报表审计的舞弊风险评估结果；要运用自上而下的方法，评价被审计单位的内部控制是否足以应对识别出的、由于舞弊导致的重大错报风险，并评价为应对管理层和治理层凌驾于控制之上的风险而设计的控制；要处理好内控审计报告意见类型与财务报表审计报告意见类型之间的关系，避免出现矛盾；要处理好内控审计与企业内控自我评价之间的关系，在已承接内控审计业务的情况下，既不为企业设计内部控制制度，也不为企业实施内部控制自我评价。
五、充分关注重大风险领域与疑难特殊事项
在年报审计过程中，注册会计师要始终保持职业怀疑和高度警觉，充分关注下列重大风险领域与疑难特殊事项，充分考虑管理层凌驾于控制之上的可能性，对舞弊导致的重大错报风险进行有效的识别、评估和应对。
（一）重大风险领域
1．收入的确认与计量。在识别和评估由于舞弊导致的重大错报风险时，注册会计师应当假定被审计单位在收入确认方面存在舞弊风险，并评价哪些类型的收入、收入交易或认定可能导致舞弊风险；关注新业务或新产品收入的合理性；关注ST公司以及微利公司收入的真实性；考虑重大资产置换收入确认时点的恰当性。
2．关联方关系及其交易。要考虑关联方交易是否有合理的商业理由，交易价格是否公允；要对关联方关系及其交易可能导致的潜在重大错报风险始终保持合理怀疑，对管理层凌驾于控制之上的风险始终予以充分关注；要关注管理层以往是否存在不披露关联方关系及其交易的情形，以及可能显示存在关联方关系或者关联方交易的记录或文件（比如与主要销售客户交易集中在年底发货、开票、收款）；关注对被审计单位具有支配性影响的关联方及其交易；对异常重大交易，应作为特别风险，实施特别的、有针对性的审计程序加以应对。
3．资产减值。要特别关注金融资产、长期股权投资及商誉等资产的减值确认，考虑减值准备计提期间是否适当以及ST公司资产减值的完整性；考虑受国家宏观经济政策影响较大行业的资产减值准备计提（如房地产行业的存货、产能过剩行业的固定资产）；考虑期后事项对资产减值计提的影响；同时还要注意，管理层有关资产减值的书面声明不能代替注册会计师的独立判断。
