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（三）调整国务院主管部委和地方计委在投资方面的管理职能。国家专业投资公司建立以后，国务院各主管部委结合机构改革，转变职能，不再直接管理经营性项目投资，主要精力是搞好行业规划和管理，对归口行业大中型和限额以上项目的项目建议书提出初审意见，报国家计委，对中央投资为主的小型和限额以下具有一定规模的项目的立项进行审批；协同国家计委制订投资计划，以及检查、协调计划的执行。地方计委负责编制地方范围内中长期和年度的固定资产投资（包括基本建设和更新改造）计划，按照两级调控的原则，做好建设规模与资金、物资以及投产后所需要的燃料、动力和原材料的平衡；按照行业规划，审批地方小型和限额以下项目的项目建议书；审批地方投资安排的大中型和限额以上项目的设计任务书（可行性研究报告）和初步设计，不符合行业发展规划的不得审批；协调本地区的投资活动；并对集体单位和个体投资进行指导。
（四）国家专业投资公司进行自主经营。国家专业投资公司是国务院开发和经营固定资产投资，并具有法人地位的企业，在国家方针、政策和法令、规定以及行业规划的范围内自主经营国家切块给本公司的经营性投资。投资公司由国家计委归口领导（或由国家计委和部门归口领导，以国家计委为主），但不是行政上的隶属关系。专业投资公司在国家计委和行业归口部门批准立项的项目中，根据资金的可能和经济效益情况择优安排（政策性项目按国家计划安排），并与建设单位（新建项目为董事会或管委会，改扩建项目为原有企业）签订承包合同，实行包投资、包新增生产能力、包建设工期。
为了使资金能够保值增值，国家计划要给专业投资公司划出一定额度的资金，允许在国家政策、法规和行业规划范围内自主选择项目进行经营。
专业投资公司与建设银行是经济关系。中央基本建设基金切块给专业投资公司以后，由专业投资公司与建设银行签订借贷合同（国家规定免还基金本息的投资除外）。专业投资公司安排的建设项目，用款时开始计息，项目投产后连同本金逐年偿还。对项目的拨款、贷款、资金回收的业务，由专业投资公司委托建设银行办理。建设银行要按照国家政策、法规，对建设单位、施工单位进行财务监督。
国家确定发行的建设债券，债券资金也由国家计委切块给专业投资公司，专业投资公司为债务人，根据承包任务，由专业投资公司按项目安排资金，并由建设单位与专业投资公司签订借贷合同。专业投资公司委托有关银行办理债券资金的贷款和回收业务。投资风险，由专业投资公司承担。
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