企业申领化肥进口关税配额实行先来先领，直至化肥进口关税配额总量申领完毕。企业申领化肥进口关税配额时，其可申领的起始关税配额数量根据以往实际获得的配额设定，在起始关税配额数量内企业可分次申领《化肥进口关税配额证明》。企业报关进口后或将未使用的化肥进口关税配额退回后，可在不超过起始关税配额数量的范围内再次申领化肥进口关税配额。
第五条 起始关税配额数量
（一）国营贸易企业：2011年已获配额品种分配量的25%。
（二）非国营贸易企业：2011年已获配额品种分配量的30%。
（三）其他已获配额企业：2011年配额大于或等于5万吨的，已获配额品种分配量的60%；2011年配额大于或等于0.5万吨且小于5万吨的，已获配额品种分配量的100%；小于0.5万吨的，已获配额品种分配量的200%。
（四）新申请企业：起始关税配额2000吨。
第六条 申请材料
企业向受商务部委托的化肥进口关税配额管理机构（以下简称关税配额管理机构）申领化肥进口关税配额，申领时须提供以下材料原件或副本及复印件：
（一）《化肥进口关税配额申请表》及申明报送材料真实性的承诺函；
（二）具有法律效力的进口合同或委托代理的进口合同；
（三）银行信用证或其它付汇凭证；
（四）提单或其他能证明货物所有权的有效凭证；
（五）关税配额管理机构要求出具的其他材料；
（六）年度内首次申领的新申请企业除提供上述各款规定材料外，需同时提供年审合格的营业执照及企业代码，中外合资经营企业、中外合作经营企业和外资企业需另提供批准证书。
第七条 《化肥进口关税配额证明》的申请受理及发放
各关税配额管理机构负责受理所在地企业化肥进口关税配额申请，并在申请材料齐全后5个工作日内为符合条件的企业签发《化肥进口关税配额证明》，同时留存企业申请材料的复印件。
各关税配额管理机构应将新申领化肥进口关税配额企业营业执照、企业代码复印件、中外合资经营企业、中外合作经营企业和外资企业批准证书报商务部（对外贸易司），并抄送商务部配额许可证事务局。
