课题结存结余经费的管理按照《经费管理办法》有关规定执行。课题结存经费是指未完成课题年度经费预算减去年度实际支出后的余额，课题在研期间，结存经费应当留由课题承担单位结转下一年度按规定继续使用。课题结余经费是指课题结束或因故终止时，课题经费总预算减去实际总支出后的余额，因故终止课题结余经费还应当包括处理已购物资、材料及仪器、设备的变价收入。课题结余经费应当按原渠道收回科技部或相关主管部门，由科技部或相关主管部门按照财政部关于财政拨款结转和结余资金管理的有关规定执行。
四、简化预算调整程序
1.课题预算总额调整，课题承担单位变更等应当按原程序报财政部批准。
2.相关国家科技计划课题总预算不变，课题合作单位之间以及增加或减少课题合作单位的预算调整，应当按原程序报科技部批准。
3. 课题总预算不变的情况下，直接费用中材料费、测试化验加工费、燃料动力费、出版/文献/信息传播/知识产权事务费、其他支出预算如需调整，课题组和课题负责人根据实施过程中科研活动的实际需要提出申请，由课题承担单位审批，科技部或相关主管部门在中期财务检查或财务验收时予以确认。设备费、差旅费、会议费、国际合作与交流费、劳务费、专家咨询费预算一般不予调增，如需调减可按上述程序调剂用于课题其他方面支出。间接费用不得调整。
五、强化课题承担单位和课题合作单位的职责
1.课题承担单位是课题经费使用和管理的责任主体，应当建立健全经费管理制度，完善内部控制和监督制约机制，严格课题预算调整审批程序，按时提出财务验收申请，配合做好财务审计、财务验收等工作，及时按规定办理财务结账手续，并采取有效措施切实保障科研、财务、行政等管理部门对课题实施的全面支撑，积极推动本单位现有仪器设备等科研条件对课题的开放共享。
课题合作单位应当按照《经费管理办法》的规定，对课题经费和自筹经费分别单独核算，自觉接受有关监督检查。
课题承担单位和课题合作单位应当严格执行国家关于政府采购、招投标、资产管理等的规定。行政事业单位使用课题经费形成的固定资产属于国有资产，一般由单位进行使用和管理，国家有权进行调配。企业使用课题经费形成的固定资产，按照《
企业财务通则》等相关规章制度执行。
