超过500万元至1000万元的部分不超过13%；
超过1000万元的部分不超过10%。
间接费用中绩效支出不超过直接费用扣除设备购置费后的5%。
间接费用按课题统一核定，由课题承担单位和课题合作单位根据各自承担的研究任务和经费额度，协商提出分配方案，在课题预算（书）中明确，并分别纳入各自单位财务统一管理，统筹安排使用。其中绩效支出，应当在对科研工作进行绩效考核的基础上，结合科研人员实绩，由所在单位根据国家有关规定统筹安排。课题承担单位和课题合作单位不得在核定的间接费用以外再以任何名义在课题经费中重复提取、列支相关费用。
二、强化预算编制和评估评审要求
课题申请单位应当在认真学习理解《经费管理办法》的基础上，根据课题研究开发任务的特点和实际需要，按照政策相符性、目标相关性和经济合理性的原则，科学、合理、真实地编制课题经费预算。课题直接费用各项支出不得简单按比例编列。其中，劳务费预算没有比例限制，课题申请单位应当结合单位实际和相关人员参与课题的全时工作时间，科学合理、实事求是地编制，并严格按照《经费管理办法》规定的开支范围使用；专家咨询费预算应当按照《经费管理办法》规定的标准据实编制；设备费预算编制中应当注意严格控制设备购置，鼓励共享、试制、租赁专用仪器设备以及对现有仪器设备进行升级改造，确有必要购买的，单位应当对拟购置设备的必要性、现有同样设备的利用情况以及购置设备的开放共享方案等进行单独说明。
课题经费预算评估评审中，有关中介机构和咨询专家应当科学合理地提出预算审核建议，不得简单化地按比例核减课题直接费用预算。建立健全课题经费预算评估评审的沟通反馈机制。
三、加强资金拨付和结存结余经费的管理
科技部、相关主管部门应当按照部门预算管理的规定，提前组织课题立项等相关工作，并按照部门预算编报的时间要求及时将预算安排建议报送财政部，提高年初预算到位率。财政部及时审核并通过部门预算下达课题经费预算。科技部、相关主管部门应当按照财政国库管理有关规定及时支付资金，财政部正式批复部门预算前可以从1月1日起按“二上”预算数的1/4支付资金。
课题承担单位应当根据课题年度实施的实际需要申请预算，本着勤俭节约的原则合理安排支出，最大限度地减少资金的结存结余，提高课题年度预算的执行效率。
