（二）牢固树立生态系统保护的宗旨意识，全面提升自然保护区管理质量。自然保护区是国家依法划定、建设的最重要、最有价值的生物多样性区域。各级林业主管部门和自然保护区管理机构的从业人员，应当树立生态系统管理理念，务求以提高管理能力、管理质量和管理水平为主要目标，努力实现自然保护区建设的规范化、科学化，不断提高自然保护区的管理能力和生物多样性保护的有效性。
二、明确发展目标，扩大生物多样性保护成效
（一）巩固现有成效，明确发展目标。根据国家经济社会发展的客观需求，林业主管部门在“十二五”期间，拟在自然保护区空缺的区域增加自然保护区数量和面积，使自然保护区数量达到2120处，占国土面积13%左右，其中，国家级自然保护区数量达到300处，面积达到7750万公顷，使森林、湿地、荒漠、野生动物和野生植物类型自然保护区的级别、布局、结构等方面得到进一步优化；使国家重要生态区域、生物多样性保护关键地区的保护得到进一步加强。
（二）以点带面，实现自然保护区整体发展。各地要进一步推进《全国林业自然保护区发展规划（2006-2030年）》的实施，结合全国第二次野生动物资源调查、全国第二次重点保护野生植物资源调查、第二次全国湿地普查以及全国第四次大熊猫调查，根据当地的实际情况，制定本地区的自然保护区发展目标，将保护价值较高、生态状况较好的区域划入自然保护区，优先围绕珍稀濒危动物和极小种群植物的保护拯救建立和晋升自然保护区。要将自然保护区建设管理绩效情况纳入目标管理考核中，在发挥国家级自然保护区资源保护核心作用的基础上，带动区域性自然保护区群的整体建设发展。
三、依法履行职责，加大生物多样性保护力度
（一）严格管理自然资源，保护生物多样性。各级林业主管部门和自然保护区管理机构要依照法律法规的规定和职责，认真履行对自然保护区生态系统和自然资源的保护管理职能，将森林、林木、林地、湿地、野生动物和野生植物资源等作为保护重点，严格行政许可，定期开展自然保护区专项执法检查，加大执法力度，依法查处各类违法违规行为。省级林业主管部门要建立省级以上自然保护区行政执法及其执法监督机制，充分调动自然保护区管理机构执法力量，规范行政执法行为，提高行政执法能力。各级森林公安机关要充分发挥林业执法的主力军作用，切实将自然保护区作为执法重点区域，依法严厉打击破坏自然保护区内森林和野生动植物资源的违法犯罪活动。要进一步理顺森林、湿地、荒漠、野生动物、野生植物类型自然保护区的行业隶属关系，提升保护管理的专业水准，提高自然保护区的资源管理和生态保护成效。
要认真贯彻落实全国主体功能区规划，不得以任何形式流转自然保护区资源；不得在自然保护区内开展矿产资源的开发活动，对已进行的探矿和采矿活动，各地应在5年内完成清理工作；要严格限制自然保护区范围和功能区的调整，对于确需调整的，必须严格依法履行审批程序；在自然保护区内开展的各类建设项目，要严格履行有关行政许可审批程序，对未批先建的，应依法严肃处理；要严格控制自然保护区内野生动植物驯养、繁育、培植项目建设，以避免危及种群及生态系统安全；要加强对自然保护区内旅游活动的监管，自然保护区管理机构必须对自然保护区内旅游活动实施统一管理，不得以委托或承包经营的方式开展生态旅游等经营活动；任何单位或个人不得在自然保护区设立风景名胜区、景区和各类公园等，或者加挂与自然保护区管理内容相重复或冲突的其他牌子，不得改变自然保护区隶属关系，对交叉重叠的，应逐步清理，规范管理。
