（一）城镇污水处理水平有待进一步提高。
截至2009年年底，规划区域共建成城镇污水处理厂298座，污水处理能力约1992.4万吨/日，实际处理水量为1586.9万吨/日，污水处理厂运行负荷率为79.6%。部分城镇污水处理能力尚不能满足需要。配套管网建设相对滞后，普遍未能实现雨污分流。工业污水对城镇污水处理设施稳定运行产生不利影响。
（二）工业结构性污染突出。
受沿江工业园区及传统产业布局影响，结构性污染突出、分布相对集中，主要排污企业集中在化学原料及化学制品制造业、造纸及纸制品业、黑色金属冶炼及压延加工业、有色金属冶炼及压延加工业。沿江分布的工业园区加剧了流域结构性污染的特征。沿江小企业主要集中在技术水平低、治理难度大的造纸、制革、电镀、印染、有色金属等行业，污染比重高。
（三）农业源污染影响严重。
规划区域有乡镇和农村人口约1.3亿，耕地1.2亿亩，种植业、养殖业发达，畜禽养殖等农业源对水环境影响较大。受农业源污染影响，规划区域内20%的断面丰水期水质差于枯水期，主要超标指标为总磷、粪大肠菌群和总氮。据调查，进入洞庭湖的化学需氧量、总磷、总氮总量中，农业源比例分别占51%、86%和65%。
（四）流动源污染对水环境形成较大压力。长江中下游流域船舶种类繁杂，航道内船舶密度大，危险品运输逐年增加，加大了水污染事故风险。船舶污染收集设备、岸上污染物处理设施和接收配套设施不健全，造成船舶产生的污染物得不到全面处理；部分航运企业及操作人员环境意识淡薄，船舶污染应急设备不足，专业应急队伍匮乏，难以有效应对重特大船舶污染事故。
（五）湖泊生态安全水平下降。
受长江干流及主要入湖支流水情、水质以及湖区人为活动影响，鄱阳湖、洞庭湖等大型湖泊的生态安全水平下降，水质总体呈下降趋势，富营养化趋势加重，有暴发较大规模“水华”的风险。湖区湿地生态系统退化，生物多样性受到严重威胁。
（六）近岸海域污染严重。
长江口及邻近海域富营养化程度加剧、赤潮频发，且有毒赤潮发生频率增加，持续时间增长。近海海洋生态系统损害严重，生物多样性衰减，海洋渔业资源衰退。
第二章 指导思想、基本原则及规划目标
一、指导思想
以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，深入贯彻落实科学发展观，切实加快经济发展方式转变，按照胡锦涛总书记“让江河湖泊休养生息”的要求，以优化经济结构和产业布局为重点，以骨干工程为依托，以机制创新为保障，综合运用工程、技术、生态的方法，加大生态环境保护和建设力度，全面提升流域及近岸海域水污染治理水平和环境监管水平，重点保障饮用水水源地水质安全，解决突出的流域水环境问题，努力恢复江河湖泊的生机和活力，促进流域经济社会的可持续发展。
二、基本原则
（一）分区控制，突出重点。针对流域内不同区域的经济社会发展水平和水环境问题，划分具有不同污染防治特点的控制区，分区确定规划任务和治污工程；将长江干流饮用水水源地保护和产业布局优化、洞庭湖工业结构调整、汉江水污染治理和再生水利用、鄱阳湖水生态安全保障以及长江口水质恢复作为工作重点。
（二）统筹规划，综合治理。统筹加强工业源和城镇生活源污染治理，统筹推进农村生活、种植业、畜禽和水产养殖业等面源污染治理；既强化污染源治理，又注重严格环境准入，大力发展清洁生产和循环经济，坚决控制和优化重污染行业沿江布局；既注重实施工程治理措施，又注重深入推进政策机制创新。
（三）海陆兼顾，河海统筹。将长江口及近岸海域的水污染防治与长江中下游水污染防治统筹考虑，从控制陆源污染物尤其是氮磷污染物入手，控制陆源污染进入海洋；实施海洋污染防治示范工程，推动海洋生态修复与建设，强化海洋环境保护工作。
