从2011 年起，适当提高中央投资补助比例和标准。围栏建设中央投资补助比例由现行的70%提高到80%，地方配
套由30%调整为20%，取消县及县以下资金配套。青藏高原地区围栏建设每亩中央投资补助由17.5 元提高到20 元，其它地区由14 元提高到16 元。补播草种费每亩中央投资补助由10 元提高到20 元。人工饲草地建设每亩中央投资补助160元，主要用于草种购置、草地整理、机械设备购置及贮草设施建设等。舍饲棚圈建设每户中央投资补助3000 元，主要用于建筑材料购置等。按照围栏建设、补播草种费、人工饲草地和舍饲棚圈建设中央投资总额的2%安排退牧还草工程前期工作费。
从2011 年起，不再安排饲料粮补助，在工程区内全面实施草原生态保护补助奖励机制。对实行禁牧封育的草原，中央财政按照每亩每年补助6 元的测算标准对牧民给予禁牧补助，5 年为一个补助周期；对禁牧区域以外实行休牧、轮牧的草原，中央财政对未超载的牧民，按照每亩每年1.5 元的测算标准给予草畜平衡奖励。
三、加强组织领导，保证工程顺利实施
加强组织协调。有关部门要抓紧研究制定退牧还草工程“十二五”规划，完善工程管理办法，形成分工明确、相互配合的工作机制。在国家统一政策指导下，退牧还草工程实行“目标、任务、资金、责任”四到省。省级人民政府对退牧还草工程负总责，逐级落实责任制，按照本意见要求抓紧制定实施方案。工程区所在地县级人民政府要将退牧还草工程纳入改善民生、保护生态、发展现代农牧业中统筹考虑，把退牧还草各项措施落到实处。
加强项目管理。要健全实施方案、作业设计、工程建设审批制度，严格工程招标制度。要落实项目实施合同制，工程县应与农牧户签订禁牧、休牧、轮牧合同书，明确权利、义务和责任。要完善检查验收制度，落实工程县级自查和省级核查。要加强工程档案管理，做到户有卡、村有账、乡有册、县有档。要完善工程进度信息汇总报送制度。要抓紧建立完善草原生态监测预警体系，依法查处违法放牧、违法开垦和破坏工程设施的行为。
加强资金使用监督。工程区所在地县级人民政府要强化内部控制和制度建设，加大对工程建设资金和禁牧补助、草畜平衡奖励资金使用的监管力度，严禁虚报冒领、截留抵扣、挤占挪用等违法行为。在遵守各专项资金使用管理规定的前提下，整合使用退牧还草、扶贫开发、水土保持、生态移民（易地扶贫搬迁）、牧民定居等不同渠道资金，统筹解决草原生态保护、改善牧区民生等问题，发挥各渠道资金的综合效益。
