由水利部或流域机构下达投资计划，建设单位全部使用自筹资金的建设项目，其竣工财务决算由项目竣工验收主持单位的财务部门负责审批。
八、中央和地方共同投资项目竣工财务决算审批问题
投资计划由水利部下达，预算一部分是水利部下达、一部分是地方财政部门下达或地方配套资金的建设项目审批如下：
（1）竣工验收主持单位为水利部或流域机构，竣工财务决算按照《竣工决算审批规定》进行审核、审批；
（2）竣工验收主持单位为地方水利部门，按竣工财务决算财务隶属关系由地方水利单位报地方财政部门审批。
九、预算通过地方下达的项目竣工财务决算审批问题
投资计划由水利部下达，资金通过财政转移支付由地方财政部门下达预算的建设项目，其竣工财务决算由主持竣工验收单位的同级财务部门审核，按财务隶属关系由地方水利单位报地方财政部门审批。
十、流域机构审批权限问题
各流域机构可以依据《竣工决算审批规定》，按照分级管理、分级负责的原则，在本流域机构内进行审批权限划分。
各流域机构要加强对竣工财务决算审批的管理，对由下级单位审批的竣工财务决算，实行备案制，每年组织抽查，抽查比例不低得于30%。
水利部对所属各单位审批的竣工财务决算实行抽检。
十一、7月份以后上报的竣工财务决算审批问题
水利部每年集中办理竣工财务决算审核、审批，各单位7月31日以后上报的竣工财务决算顺延到第二年办理。
十二、取消或终止的项目竣工财务决算问题
由于种种原因造成项目未实施或未完成，经有关部门批准同意项目取消或终止，按照财政部有关规定处理遗留问题。
十三、审计部门的审计意见和主管竣工验收部门的同级审计问题
（一）审计部门的审计意见是指项目单位内部审计部门组织对竣工财务决算的审计意见；主管竣工验收单位的同级审计是指项目主持验收单位的同级审计部门组织对竣工财务决算的审计。
