中央分成的港口建设费主要用于：
（一）沿海港口公共基础设施建设支出，包括沿海港口航道、防波堤、锚地等基础设施建设，陆岛交通码头建设。
（二）内河水运建设支出，包括内河航道、船闸、升船机、航电枢纽、中西部内河港口建设等。
（三）支持保障系统建设支出，包括沿海和内河水域的海事、救助打捞、安全及应急通信、航道等。
（四）专项性支出，包括交通建设发展前期工作经费、日元还贷支出等。
（五）征管经费。
（六）支付船舶代理公司或货物承运人的港口建设费代征手续费。
（七）国务院批准的其他支出。
地方分成的港口建设费主要用于辖区内港口公共基础设施以及航运支持保障系统的建设和维护。
第十九条 海事管理机构委托船舶代理公司或货物承运人等单位代收港口建设费，可按其代收港口建设费征收额的1%支付代征手续费。代征手续费列入交通运输部预算，由中央财政通过基金预算统筹安排。海事管理机构及其委托的代收单位不得在代收收入中直接提留代征手续费。
第二十条 交通运输部应当按照规定编制年度中央港口建设费收支预决算，纳入其预决算并报财政部审批。港口建设费补助地方项目支出的资金管理办法由财政部会同交通运输部另行制定。
第二十一条 有关城市人民政府交通运输（港口）管理部门应当按照规定编制年度地方港口建设费收支预决算，纳入同级交通运输（港口）管理部门预决算并报同级财政部门审批。
第二十二条 港口建设费的资金支付按照财政国库管理制度有关规定执行，并按规定填列《政府收支分类科目》相关科目。
第二十三条 船舶代理公司、货物承运人收到的港口建设费代征手续费，应当列入“营业外收入-其他收入”科目统一核算。
第二十四条 海事管理机构应当建立港口建设费统计报表制度，按月向上级海事管理机构报送，并于每月结束后的5个工作日内，抄送所在地财政部驻各省、自治区、直辖市及计划单列市财政监察专员办事处和同级财政部门。
