第十二条 扩大财政资金开支范围、提高开支标准的，按违规违纪资金数额的百分之十以上百分之五十以下扣减下一年度财政资金指标；情节较重的，不予安排新增资金或调减现有投入规模。
第十三条 违反国家农业综合开发资金和项目管理规定，多结工程价款，虚列投资完成额，或者以虚假的经济业务事项、资料进行会计核算的，按违规违纪资金数额的一至三倍扣减下一年度财政资金指标；情节较重的，不予安排新增资金或调减现有投入规模。
第十四条 因审核、监管不力，致使项目单位套（骗）取或挤占挪用财政资金的，按违规违纪资金数额的一至三倍扣减下一年度财政资金指标；情节较重的，不予安排新增资金或调减现有投入规模。
第十五条 财政资金报账支出以现金支付、使用不合格发票或者白条入账的，按违规违纪资金数额的百分之十以上百分之五十以下扣减下一年度财政资金指标；情节较重的，不予安排新增资金或调减现有投入规模。
第十六条 至检查或验收时，违规违纪行为已经得到纠正的，可以从轻处理。
第十七条 违规违纪行为经查证后，被检查单位必须按有关规定，对存在的问题进行认真整改，并及时向上级主管部门报送整改报告，同时附报整改的相关原始凭证复印件。
被检查单位未能按期对存在问题进行整改的，对其违规违纪行为从重处理。
第十八条 国家农业综合开发办公室组织开展的综合检查、专项检查以及其他形式的检查当中，发现被检查市、县级财政部门存在违规违纪行为，或未能按期整改，且上级主管部门未做出相应处理的，除由其上级主管部门依照本办法处理外，还应根据事实和情节轻重，按照违规违纪资金数额的一至三倍扣减所在省（自治区、直辖市、计划单列市，以下简称省）下一年度中央财政资金指标。
第十九条 在审计等部门或其他监督检查机构开展的农业综合开发资金审计、检查过程中，发现市、县级财政部门存在弄虚作假套（骗）取、挤占挪用财政资金等严重违规违纪行为，或违规违纪行为在社会上造成恶劣影响的，除由其上级主管部门依照本办法处理外，还应根据事实和情节轻重，按照违规违纪资金数额的一至三倍扣减所在省下一年度中央财政资金指标。
