研制高效低残留的新型蛋白质样品预处理和分离材料；构建高分辨、高灵敏度的蛋白质与多肽的定量、分离与鉴定技术体系；发展基于生物质谱的同位素标记和非同位素标记的蛋白质组相对与绝对定量方法；发展重要生物体的目标蛋白质组以及全蛋白质组及其化学修饰的高准确度的动态定量分析方法；建立重要模式生物或其组织器官蛋白质组成的高精度全覆盖技术、蛋白质定量内标的制备技术和目标导向绝对定量蛋白质组研究的理论和技术体系法。


　　1.重要器官发育与再生的遗传调控
　　利用模式脊椎动物，建立可视化研究活体组织器官发育与再生技术及相关转基因动物和突变体资源库，研究1-2种重要组织器官，如心脏、肝脏等发育与再生的关键调控因子，揭示组织器官发育与再生的根本机制。
　　2.内皮组织和上皮组织发育及相关疾病的分子机理
　　研究内皮或上皮细胞在组织器官发生、形成中的行为及其与相关疾病的关系。重点研究上皮或血管等内皮组织中细胞命运决定和形态构建的分子调控网络、组织或器官内的细胞与周边细胞间的相互作用、组织器官损伤修复和相关疾病的发生机制。
　　3.发育缺陷发生的分子机制
　　利用临床资源和动物模型，从器官、组织、细胞和分子等多个层次揭示我国常见严重先天性出生缺陷的发生机理，发展早期诊断和预防的新技术、新方法。
　　4.植物胚与胚乳发育调控机制
　　重点研究植物配子发育、受精、合子激活和胚胎模式建立的机制，阐明植物生殖细胞的发育与分化以及胚乳物质积累的分子和表观调控机制，为高产优质作物的培育提供理论基础。
　　5.生殖细胞健康的分子基础
　　针对临床常见和重要的生殖细胞异常，重点研究生殖细胞减数分裂起始、停滞与恢复、染色体分离、DNA损伤、修复和重组以及基因组稳定性的调节机理，为生殖健康奠定基础。
　　6.排卵障碍性和胚源性等生殖疾病的机制研究
　　研究辅助生殖技术诱发胚胎源性疾病的机制；开展辅助生殖安全性评估，优化辅助生殖技术，并建立有效预警的生物标志物；建立常见排卵障碍性疾病的资源库，研究多囊卵巢综合症等常见排卵障碍性疾病的发生和调控机制，发展新型的疾病干预措施。
　　7.生殖周期及生物钟调节的机制
　　利用模式动物或仿生环境研究生殖周期的调节机制；探讨生殖免疫和生殖周期的关系；研究生殖器官、生殖细胞及胚胎发育中生物钟调节的规律，阐明生殖周期和生物钟在发育中的作用机制。

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