断面水质超过Ⅲ类标准时，先按照不同指标对应水质类别的优劣，选择水质类别最差的前三项指标作为主要污染指标。当不同指标对应的水质类别相同时计算超标倍数，将超标指标按其超标倍数大小排列，取超标倍数最大的前三项为主要污染指标。当氰化物或铅、铬等重金属超标时，优先作为主要污染指标。
确定了主要污染指标的同时，应在指标后标注该指标浓度超过Ⅲ类水质标准的倍数，即超标倍数，如高锰酸盐指数（1.2）。对于水温、pH值和溶解氧等项目不计算超标倍数。
某指标的浓度值－该指标的Ⅲ类水质标准
超标倍数＝————————————————————
该指标的Ⅲ类水质标准
（2）河流、流域（水系）主要污染指标的确定方法
将水质超过Ⅲ类标准的指标按其断面超标率大小排列，一般取断面超标率最大的前三项为主要污染指标。对于断面数少于5个的河流、流域（水系），按“（1）断面主要污染指标的确定方法”确定每个断面的主要污染指标。
断面超标率＝ 某评价指标超过Ⅲ类标准的断面（点位）个数
——————————————————————×100%
断面（点位）总数
（二）湖泊、水库评价方法
1.水质评价
（1）湖泊、水库单个点位的水质评价，按照“（一）1.断面水质评价”方法进行。
（2）当一个湖泊、水库有多个监测点位时，计算湖泊、水库多个点位各评价指标浓度算术平均值，然后按照“（一）1.断面水质评价”方法评价。
（3）湖泊、水库多次监测结果的水质评价，先按时间序列计算湖泊、水库各个点位各个评价指标浓度的算术平均值，再按空间序列计算湖泊、水库所有点位各个评价指标浓度的算术平均值，然后按照“（一）1.断面水质评价”方法评价。
（4）对于大型湖泊、水库，亦可分不同的湖（库）区进行水质评价。
（5）河流型水库按照河流水质评价方法进行。
2.营养状态评价
（1）评价方法
采用综合营养状态指数法（TLI（∑））。
（2）湖泊营养状态分级
采用0～100的一系列连续数字对湖泊（水库）营养状态进行分级：
TLI（∑）＜30 贫营养
30≤TLI（∑）≤50 中营养
