电子支付的费单仍按现有流程进行流转。付款银行应凭费收清单将有关款项划转海关费收帐户。
第十二条 海关应确保纸质税（费）单与电子底帐数据的准确性和一致性。在税（费）单与电子底帐数据出现差异时，现场海关应受理银行的查询，查找原因并及时解决问题，在必要时，重新开具税（费）单，由银行重新办理取单手续，并将原税（费）单予以作废。
第十三条 电子支付以税（费）单为单位。对同一份报关单所发生的税（费），企业可全部选择电子支付，也可部分选择电子支付。
第十四条 电子支付的报关单进行修改时，应按以下情况分别处理：
（一）税（费）单未打印的，可以修改报关单。若修改后税（费）产生变化的，应重新计算税（费），海关业务系统自动发送新的税（费）信息及预扣撤销指令。
（二）税（费）单已打印未核注的，不能修改报关单。
（三）税（费）单已打印已核注的，可以修改报关单：
1．报关单修改后税费产生变化的，海关业务系统自动生成退补税（费）信息。其中，补税（费）单可以按电子支付的流程进行操作。退税（费）单按柜台支付方式处理。
2．报关单修改为保证金的，海关业务系统生成保证金电子信息和退税信息。其中，保证金可以按电子支付的流程进行操作。退税单按柜台支付方式处理。
第十五条 电子支付的报关单撤销按以下情况分别处理：
（一）税（费）单未打印的，可以撤销报关单，海关业务系统自动发送预扣撤销指令。
（二）税（费）单已打印的，原则上不能撤销报关单。确需撤销报关单的，直属海关应在税（费）单核注后次日，在海关业务系统中对电子支付的税（费）信息进行异常数据处理，再进行报关单撤销操作。
第十六条 企业对同一份税（费）单采用了电子支付和柜台支付，造成重复支付的，在税（费）单核注后，现场海关按退税（费）的程序进行处理。
第十七条 由于海关原因在网络传输过程中出现数据丢失情况下，海关技术部门应及时补发相关报文，包括电子税（费）信息、预扣成功信息、预扣撤销信息、实扣指令等。
