结合临床和流行病学工作基础，系统研究高血压发生、发展和转归规律，探索血管重塑和功能异常的调控机制，揭示环境危险因素与遗传易感性交互作用，阐明高血压的发病机理和靶器官早期损害特征，为高血压早期防治提供依据。
4．儿童神经精神疾病发病机理与干预
结合流行病学和临床实践工作，针对儿童脑发育异常导致的孤独症、癫痫等常见神经精神疾病，研究其发生的神经生物学、遗传机制和分子网络，为儿童情感障碍及神经精神疾病的早期诊断、早期干预和临床治疗提供指导。
5．心血管等疾病治疗药物新靶点的基础研究
采用现代生物科学技术以及适用的动物模型，研究心血管等疾病发生、发展中具有重要作用的信号转导分子（如受体蛋白等），分析其结构和功能，发现新配体，验证其作为新药靶的可行性，为药物研发提供新思路。
6．机体组织器官的创伤修复与再生机制以及工程化组织关键科学问题的研究
从分子、细胞与整体的多层水平，研究人体重要组织器官创伤修复与再生的机制及其主要影响因素，创建促进组织创伤后修复与再生的关键技术和策略；研究组织工程关键因素及其调控机制，为创伤修复和工程化组织的临床应用提供理论指导。
7. 高原低氧环境的快速习服与长期适应机制研究
研究高原低氧适应的多途径诱导与多方向转归规律，阐明低氧习服与适应生理性与遗传性机制，提出改善高原低氧环境引发急、慢性损伤的干预措施。
8. 前列腺癌发病机制与干预的研究
紧密结合临床，研究前列腺癌发病不同阶段的蛋白质修饰、代谢产物、转录组与基因组的动态变化特点，揭示其功能与调控的机理；研究激素相关的信号转导、调控网络以及发病不同阶段的表观遗传变化与分子机制；发现和鉴定中国人群特异性的早诊、治疗和预后等相关生物标志，为发展临床诊疗新策略提供理论基础。
中医理论专题
1．基于临床的方剂配伍规律
选择疗效确切的方剂，通过临床与实验研究，诠释药性、“君臣佐使”、“七情合和”等方剂配伍理论的科学内涵，建立完善方剂配伍的新方法，研究新方法与方剂配伍的相关性及应用规律，为临床组方用药提供科学依据，为国家重大新药创制提供理论、思路、方法和技术指导。
2．基于临床的经穴特异性规律及其影响因素
以针灸临床疗效确切的病证为载体，结合临床深入系统研究经穴特异性，阐明经穴效应特异性的基本规律，揭示其生物学基础和科学内涵，探讨其关键影响因素的特点和作用机制，为针灸临床合理选穴配方提供科学依据。
3．基于微血管病变性疾病的血脉瘀阻相关理论
针对微血管病变导致的影响健康的重大疾病，结合临床与实验，研究血脉瘀阻相关理论的科学内涵、变化规律、作用机制。探讨血脉瘀阻相关理论与微血管病变性疾病的相关性，阐明相关疾病防治原理和方药的物质基础与作用机理。
重要传染病基础研究专题
1．重要病原菌与宿主相互作用分子机制的研究
以典型胞内病原菌为模型，研究其侵入免疫相关细胞及在胞内生存过程中，与宿主成分相互作用及其干扰宿主重要信号通路和免疫系统关键分子的致病机制，为传染病的防治奠定基础。
2．动物重要细菌病原的功能基因组与分子致病机制
