（一）关于预算执行还不完全到位的问题。相关部门正在采取措施，努力提高预算编制的科学性，严格预算执行和管理。
（二）关于预算管理还不够严格和规范的问题。一是对16个部门存在以拨代支的问题，相关部门通过加快项目执行进度、收回资金余额、调整会计账目等方式，全部整改完毕。二是对19个部门未严格执行政府采购规定的问题，相关部门通过清理有关采购项目和资金、健全和完善政府采购制度、加强预算和采购活动管理等方式，全部整改完毕。三是对23家受托代征单位未按规定征收或上缴港口建设费的问题，已征收的12.85亿元中有4.14亿元已清缴入库，其余部分也制定了缴款计划；对未征收的38亿元，国务院法制办、交通运输部、财政部正在研究完善港口建设费征收使用管理政策。
（三）关于一些部门及所属单位违反财经制度规定的问题。一是对挤占挪用财政资金和违规发放津贴补贴的问题，相关部门通过归还原资金渠道、调整会计账目、停止发放并收回违规发放的津贴补贴等方式整改10.26亿元（占93.70%），其余问题正在整改中。二是对多申领财政资金或瞒报收入和资产等问题，相关部门通过收回结余资金、将收入和资产纳入法定账册核算、调整会计账目等方式整改5.46亿元（占87.92%），其余问题正在整改中。三是对违规收费及未按规定征缴非税收入等问题，相关部门通过停止和退还违规收费、收归部门或上缴中央财政、调整会计账目等方式整改13.88亿元（占85.36%），其余正在采取补办审批手续、催缴收费收入等方式予以整改。四是对接受和使用虚假发票列支的问题，相关部门通过收回违规报销资金、更换为真实发票等方式整改9737万元（占68.31%）；已将其余4503万元假发票问题移送纪检监察部门或司法机关作进一步查处。
（四）关于部门决算（草案）编报不够准确的问题。相关部门已商财政部进行纠正和调整18.19亿元（占72.15%），其余问题正在整改中。
三、对地方财政和地方政府性债务管理审计查出问题的整改情况
（一）关于地方税费管理不够严格，有的地方财政资金管理分散的问题。财政部及各相关地方积极采取措施整改：一是对非税收入征管不到位的问题，有关地方加大了非税收入征管力度，已追缴入库751.59亿元（占94.64%）。二是对部分地方政府自定政策返还税费的问题，有关地方认真清理了自行出台的税收优惠和先征后返政策，修订了相关规定。三是对财政部门银行账户开设过多的问题，财政部下发了《关于
全面加强地方财政资金安全管理的通知》（财库〔2009〕128号），有关地方财政部门对银行账户进行了认真清理，撤销合并银行账户423个，并将289个银行账户中存储的应缴未缴非税收入158.03亿元缴入了国库。
