其中，国家杰出青年科学基金、国家基础科学人才培养基金、国际（地区）合作研究与交流等类型项目的申请，采取网上在线填写申请书的方式，并有如下的特殊要求：
1. 申请国家杰出青年科学基金项目的申请人，须从依托单位获得用户名和密码后，登录ISIS系统，选择 “国家杰出青年科学基金”填写申请书，应提交电子申请书和一式二份签字盖章的纸质申请书原件（请将附件材料电子化后直接从网上提交，不要附在纸质申请书之后）。
2. 申请国家基础科学人才培养基金项目的申请人，须从依托单位获得用户名和密码后，登录ISIS系统，选择 “国家基础科学人才培养基金”填写申请书。
3. 申请重大国际（地区）合作研究项目的申请人，登录ISIS系统，选择“国际合作项目”中资助类别为“合作研究项目”下的“重大国际（地区）合作研究项目（非组织间协议项目）”在线填写中文申请书，同时下载《重大国际（地区）合作研究项目英文申请书》离线填写。英文申请书及合作双方的协议书作为中文申请书的附件提交。
（六） 各依托单位应按照
《条例》、《2011年度项目指南》和相关类型项目及经费管理办法的要求严格审核申请书，在规定时间内将电子和纸质的申请材料报送自然科学基金委。具体要求如下：
1. 申请材料应当由依托单位统一报送，申请人应在依托单位确定的截止日期前提交。自然科学基金委不接收个人直接报送和非依托单位报送的申请材料。
2. 各依托单位在报送申请材料时，应出具单位公函和本单位申请项目清单。
3. 纸质申请材料可以直接报送或邮寄的方式至集中接收组。以邮寄方式报送申请材料的，请在截止时间前（以发信邮戳日期为准）以速递方式寄至集中接收组，并在信封左下角标注“基金申请材料”。请勿使用包裹，以免延误申请。
4. 依托单位应在截止时间（3月20日16时）之前通过互联网提交电子申请书，提交方式可选择：（1）通过自然科学基金项目申报系统（MiniIRIS系统）打包上传；（2）通过ISIS系统逐项提交。
二、关于项目结题申报
2010年底资助期满应结题的基金项目负责人应按照
《条例》、相关类型项目及经费管理办法的要求，认真撰写《国家自然科学基金资助项目结题报告》（以下简称《结题报告》），通过ISIS系统提交电子文件和一份纸质原件。电子文件及纸质文件内容应一致，难以电子化的材料以附件形式随纸质文件一并报送。自然科学基金委将在批准结题通知发布之后，公布项目结题报告和申请摘要，请项目负责人撰写结题报告时注意保密及知识产权保护的问题。
