1、部分电网企业在自查自纠阶段未对差额资金进行分配，如内蒙、浙江、湖南、江西、新疆等省（区）电网企业对2007年7月-2009年9月形成的差额资金及安徽省电力公司对2008、2009年形成的差额资金，没有按专项治理的要求形成分配方案。
　　2、部分电网企业未按规定在对辅助服务情况进行测算的基础上形成差额资金分配方案，如天津、吉林、云南、山东、河北、重庆等省（市）电网企业；个别电网企业对发电企业确定的分配比例过低，如上海市电力公司。
　　3、部分电网企业虽按规定与发电企业协商形成了一致的分配方案，但资金没有及时拨付到发电企业，如东北电网公司、福建电力公司；个别电网企业确定的分配方案未听取发电企业意见。
　　4、部分电网企业将与新建机组调试提供辅助服务无关的费用列入差额资金分配方案。如河南省电力公司将电网企业垫付的脱硫、燃气、电网建设等费用列为分配内容，甚至将通讯设备接入、远动信息接入等本应由电网附属企业承担且已收取的费用也列入分配内容。存在类似情况的还有广西、四川、重庆、甘肃、辽宁等省（市）电网企业。
　　5、少数电网企业存在将新建发电机组调试电价确定为零的情况，违反了国家电价政策，损害了发电企业利益。如湖北、四川等省电网企业。
　　6、少数电网企业自行出台文件延长新建机组调试运行时间。延长调试期实际上是延长了低电价结算的时间，违反了国家的电价政策，侵害了发电企业的权益。如内蒙、湖北等省（区）电网企业。
　　（三）集中排查阶段情况
　　根据专项治理自查自纠情况和专项治理方案的总体安排，国家电监会组成三个排查工作组，于6月28日-7月10日对通过自查自纠仍没有对差额资金进行分配或者报送情况不真实的江西、湖南、新疆、内蒙、浙江、安徽、湖北等七省（区）电网企业进行集中排查。同时，电监会要求各派出机构分别对辖区内其他电网企业差额资金分配情况组织集中排查。
　　经电力监管机构集中排查确认，2007年7月1日-2009年9月30日全国并网核准新建直调机组共计799台，总装机容量15999万千瓦，调试电量326.59亿千瓦时，形成新建机组调试差额资金共计44.42亿元。国家电监会及派出机构在集中排查中发现，有关省（区）电网企业在新建机组调试差额资金分配工作中存在的主要问题有：
　　1、有关电网企业没有认真学习、贯彻落实电监会办市场[2007]40号、电监稽查[2010]12号等文件，对差额资金的分配使用认识和理解上有偏差；

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